<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">Morteza Khabiri wrote:</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">Dear users</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">I have a dimer protein in the water box. It was run for 30ns.</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">during the simulation dimer split to two monomer. This things happen bc of</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">PBC. ( I checked it by vmd pbc option )</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">to have a two monomer together during trajectories (for visualization)</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">I have used the following command:</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">trjconv<span style="mso-spacerun: yes">  </span>-s .tpr -f .xtc -o<span style="mso-spacerun: yes">   </span>-boxcenter tric -pbc mol</font></span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">but it is not working.</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">Is there any other method or command which I could implement pbc in</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">trajectory.</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">Thanks in advance</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">Morteza</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">Shahab Shariati wrote:</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">You can use other flags of trjconv command as follows:</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman">Trjconv –f *.xtc –s **.tpr –o ***.xtc –pbc nojump –ur compact -center</font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span><font face="Times New Roman"> </font></span></p>