Thanks Justin. I think you are right. I always encounter this problem with extremely small runs.<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 8, 2010 at 11:04 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Sai Pooja wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
I am running a very short md run for 100 steps and I get the Infinite giga flopses error. I stored info at every step to check if the simulation is running. And the log file has all the variables for each time-step with reasonable  values. I don&#39;t understand the meaning of the message at the end of the log file. <br>

nodetime = 0! Infinite Giga flopses!<br>
Finished mdrun on node 0 Tue Jun  8 10:16:31 2010<br>
<br>
This is not the first time I have encountered this problem with short md runs.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
This isn&#39;t really a &quot;problem,&quot; per se.  Gromacs is fast.  If you look at the benchmarks in the Gromacs 4 paper, you can get several hundred steps of MD per second for a relatively small system.  So essentially your run probably finished in less than a second, and mdrun recorded that as &quot;zero&quot; time.  Division by zero = infinite performance :)<br>

<br>
If you think there&#39;s something else actually wrong, please at least provide a description of how large your system is, how long the run actually took to complete, if you&#39;re running in parallel, etc.<br><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Parameter file<br>
<br>
; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS  title                    =NPT simulation for a 2D WCA system<br>
cpp                      =/lib/cpp<br>
<br>
; RUN CONTROL PARAMETERS<br>
integrator               = md<br>
dt                       = 0.0001<br>
nsteps                   = 100<br>
<br>
; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>
nstxout                  = 0    ; No output, except for last frame (coordinates)<br>
nstvout                  = 0    ; No output, except for last frame (velocities)<br>
nstfout                  = 0    ; No output, except for last frame (forces)<br>
nstlog                   = 1   ; Write every nth step to the log<br>
nstenergy                = 0     ; Write energies at every n step<br>
nstxtcout                = 0     ; Do not write a compressed tr<br>
<br>
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>
nstlist                  = 10<br>
ns-type                  = Grid<br>
pbc                      = xyz<br>
rlist                    = 0.9<br>
<br>
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>
coulombtype              = Cut-off<br>
rcoulomb                 = 1.1225<br>
vdw-type                 = Cut-off<br>
rvdw                     = 1.1225<br>
<br>
; Temperature coupling<br>
tcoupl                   = v-rescale<br>
tc-grps                  = AR<br>
tau_t                    = 0.1<br>
ref_t                    = 0.1<br>
ld_seed                   =-1<br>
<br>
; Pressure coupling<br>
pcoupl                   = Berendsen<br>
pcoupltype               = semiisotropic<br>
tau-p                    = 0.1 0.1<br>
compressibility          = 1e-5  0   ;Dont know<br>
ref-p                    = 58 0<br>
<br>
<br>
;Generate velocities for startup run<br>
gen_vel                  =yes<br>
gen_temp                 =1<br>
gen_seed                 =-1<br>
<br>
;Non equilibrium MD steps<br>
freezegrps              =AR<br>
freezedim               =N N Y<br>
<br>
Error: At the end of log file<br>
<br>
nodetime = 0! Infinite Giga flopses!<br>
Finished mdrun on node 0 Tue Jun  8 10:16:31 2010<br>
<br>
<br>
Regards<br>
Pooja<br>
<br>
-- <br>
Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div><div class="im">
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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-- <br></div><div><div></div><div class="h5">
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>