<div>Hi,</div><div><br></div><div>I am running a very short md run for 100 steps and I get the Infinite giga flopses error. I stored info at every step to check if the simulation is running. And the log file has all the variables for each time-step with reasonable  values. I don&#39;t understand the meaning of the message at the end of the log file. </div>
<div><br></div><div><div>nodetime = 0! Infinite Giga flopses!</div><div>Finished mdrun on node 0 Tue Jun  8 10:16:31 2010</div></div><div><br></div><div>This is not the first time I have encountered this problem with short md runs.</div>
<div><br></div><div>Parameter file</div><div><br></div><div>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS  </div><div>title                    =NPT simulation for a 2D WCA system</div><div>cpp                      =/lib/cpp</div><div><br>
</div><div>; RUN CONTROL PARAMETERS</div><div>integrator               = md</div><div>dt                       = 0.0001</div><div>nsteps                   = 100</div><div><br></div><div>; OUTPUT CONTROL OPTIONS</div><div>
nstxout                  = 0    ; No output, except for last frame (coordinates)</div><div>nstvout                  = 0    ; No output, except for last frame (velocities)</div><div>nstfout                  = 0    ; No output, except for last frame (forces)</div>
<div>nstlog                   = 1   ; Write every nth step to the log</div><div>nstenergy                = 0     ; Write energies at every n step</div><div>nstxtcout                = 0     ; Do not write a compressed tr</div>
<div><br></div><div>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS</div><div>nstlist                  = 10</div><div>ns-type                  = Grid</div><div>pbc                      = xyz</div><div>rlist                    = 0.9</div><div>
<br></div><div>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW</div><div>coulombtype              = Cut-off</div><div>rcoulomb                 = 1.1225</div><div>vdw-type                 = Cut-off</div><div>rvdw                     = 1.1225</div>
<div><br></div><div>; Temperature coupling</div><div>tcoupl                   = v-rescale</div><div>tc-grps                  = AR</div><div>tau_t                    = 0.1</div><div>ref_t                    = 0.1</div><div>
ld_seed                   =-1</div><div><br></div><div>; Pressure coupling</div><div>pcoupl                   = Berendsen</div><div>pcoupltype               = semiisotropic</div><div>tau-p                    = 0.1 0.1</div>
<div>compressibility          = 1e-5  0   ;Dont know</div><div>ref-p                    = 58 0</div><div><br></div><div><br></div><div>;Generate velocities for startup run</div><div>gen_vel                  =yes</div><div>
gen_temp                 =1</div><div>gen_seed                 =-1</div><div><br></div><div><div>;Non equilibrium MD steps</div><div>freezegrps              =AR</div><div>freezedim               =N N Y</div></div><div><br>
</div><div>Error: At the end of log file</div><div><br></div><div>nodetime = 0! Infinite Giga flopses!</div><div>Finished mdrun on node 0 Tue Jun  8 10:16:31 2010</div><div><br></div><div><br></div><div>Regards</div><div>
Pooja</div><div><br></div>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>