<br><br>----- Original Message -----<br>From: Ting Zhou &lt;coomteng@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, June 8, 2010 19:13<br>Subject: [gmx-users] add external force<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I would like to add an external force f(x) on some atoms during <br>&gt; the simulation, where x is the Cartesian coordinates of these atoms.<br>&gt; <br>&gt; Each component of the force can only be calculated with the <br>&gt; whole set of coordinates, i.e., (f1, f2, ..., fn) = f(x1, x2, <br>&gt; ..., xn)<br><br>If you potentially need to know every coordinate to calculate each force, then you will have to either run in serial, or emulate the behaviour in write_trxframe to gather the coordinates and scatter the forces at useful time.<br><br>Mark