<br><br>----- Original Message -----<br>From: Ting Zhou &lt;coomteng@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, June 8, 2010 19:26<br>Subject: Re: [gmx-users] add external force<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; On 06/08/2010 11:18 AM, Mark Abraham wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;----- Original Message -----<br>&gt; &gt;From: Ting Zhou &lt;coomteng@gmail.com&gt;<br>&gt; &gt;Date: Tuesday, June 8, 2010 19:13<br>&gt; &gt;Subject: [gmx-users] add external force<br>&gt; &gt;To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I would like to add an external force f(x) on some atoms during<br>&gt; &gt; &gt; the simulation, where x is the Cartesian coordinates of <br>&gt; these atoms.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Each component of the force can only be calculated with the<br>&gt; &gt; &gt; whole set of coordinates, i.e., (f1, f2, ..., fn) = f(x1, x2,<br>&gt; &gt; &gt; ..., xn)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;If you potentially need to know every coordinate to calculate each<br>&gt; &gt;force, then you will have to either run in serial, or emulate the<br>&gt; &gt;behaviour in write_trxframe to gather the coordinates and <br>&gt; scatter the<br>&gt; &gt;forces at useful time.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;Mark<br>&gt; &gt;<br>&gt; Are you talking about modifying the source?<br><br>Yes. Perhaps TINKER or something is more amenable to the kind of "computational experiment" that it sounds like you might be doing.<br><br>&gt; Is there a lagged <br>&gt; script interface to calculate forces?<br><br>I don't know what this is, but no.<br><br>Mark