
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt">Hi All,<br><br>I am trying to simulate kinase domain (chain A) in complex with cyclin (chain B). During solvent dynamics, PBC on and PME treatment of electrostatics, i need to keep only kinase domain flexible but cyclin fixed.<br><br>i put POSRES_B in define variable and tried to simulated the entire solvated system in GROMACS 4 package. But time and again it failed with LINCS warnings. On the contrary, if entire system is kept either flexible or position restrained, run is obtained without any errors. I tried 1ns MD. Unable to understand possible reasons.<br><br>Could anybody help in this regard ?<br><br>Regards,<br>Nikhil<br>

</div><br></body></html>