----- Original Message -----<br>From: Sai Pooja &lt;saipooja@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, June 9, 2010 8:07<br>Subject: [gmx-users] Reduced LJ Units<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi,<div><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have trouble searching mailing lists so I apologize if this has already been answered in some query.</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>If sigma=epsilon=mass=1 is specified in .top file then for specifying &nbsp;T*=1 in the Thermostat does one need to set ref_t ~ 120 ?</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Similarly, to specify ref_p for the Barostat, is there a similar conversion factor?</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>How about the values of P reported in bar? How does one convert that to reduced units?<br><br>Does manual table 2.4 help?<br><br clear="all"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I ask this because I have currently specified ref_t =120 as explained in the Gromacs manual. However this gives me a pressure value(in bars) which is much much larger than the one I had expected in reduced units (by a factor of about 50-60).</div><br>Are you measuring pressure over long enough time? See http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure<br><br>Mark