<br><br>----- Original Message -----<br>From: Mahnam &lt;mahnam@ibb.ut.ac.ir&gt;<br>Date: Thursday, June 10, 2010 18:12<br>Subject: [gmx-users] combine position restraints and NPT equlibration in membrane<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><span><p>   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  <style title="table borders">.htmtableborders, .htmtableborders td,  .htmtableborders th {border : 1px dashed lightgrey ! important;}  </style>  <style type="text/css">html, body { border: 0px; }  span.macro, span.macro  ul, span.macro div, span.macro p {background : #CCCCCC;} </style> <style type="text/css"> p{margin-bottom: 0.15em;margin-top:  0.15em;}body{font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt;};  </style><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8"> <table><tbody><tr><td><p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>     <style title="table borders">.htmtableborders,  .htmtableborders td,  .htmtableborders th {border : 1px dashed lightgrey !  important;}  </style>  <style type="text/css">html, body { border: 0px; }   span.macro, span.macro  ul, span.macro div, span.macro p {background :  #CCCCCC;} </style> <style type="text/css"> p{margin-bottom:  0.15em;margin-top:  0.15em;}body{font-family:arial, helvetica,  sans-serif;font-size:10pt;};  </style> <font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 10pt;"><div><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  In God We Trust<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Hello  Dear GMX users<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> We would like to perform&nbsp;  MD simulation of a protein  in attendance of biomembrane (POPE). On the  basis of Kalp tutorial, can we  combine position restraints and NPT&nbsp;  equlibration in one phase?. We  attached NPT.mdp in this mail.&nbsp; Please  guide us.&nbsp;&nbsp;</p><p><br></p><p>NPT equilibration with position restraints is not unreasonable, but if your density is not correct, then your box needs to change size. Since the position-restrained component can't change its coordinates much, you'll need to equilibrate for a while to let other things rearrange around it.<br></p><p><br></p><p>Don't T-couple ions seperately. See http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats</p><p><br></p><p>Mark<br></p></td></tr></tbody></table></p></span>