Hi There,<br><br>Please help me with this permission issue! Thanks. (Below are the input and output, followed by the information of my compiling procedure)<br><br>#!/bin/csh -f<br>#$ -cwd<br>#$ -N gro.t.4<br>#$ -S /bin/tcsh<br>
#$ -l h_rt=120:00:00<br>#$ -e SGE.err<br>#$ -o SGE.out<br>#$ -pe mpich 4 <br>mpirun -np 4 mdrun_mpi -s topol.tpr -o output_test.trr -e topol.tpr -x output_test.trr<br><br>-catch_rsh /opt/gridengine/default/spool/compute-2-9/active_jobs/424509.1/pe_hostfile<br>
compute-2-9<br>compute-2-9<br>compute-2-21<br>compute-2-21<br>Warning: no access to tty (Bad file descriptor).<br>Thus no job control in this shell.<br>######################################################################################################<br>
/home/y1gao/soft/openmpi-1.4.2/bin/mpirun<br>    libopen-rte.so.0 =&gt; /home/y1gao/soft/openmpi-1.4.2/lib/libopen-rte.so.0 (0x40001000)<br>    libopen-pal.so.0 =&gt; /home/y1gao/soft/openmpi-1.4.2/lib/libopen-pal.so.0 (0x40078000)<br>
    libnuma.so.1 =&gt; /usr/lib/libnuma.so.1 (0x004cf000)<br>    libdl.so.2 =&gt; /lib/libdl.so.2 (0x400d7000)<br>    libnsl.so.1 =&gt; /lib/libnsl.so.1 (0x0054c000)<br>    libutil.so.1 =&gt; /lib/libutil.so.1 (0x00516000)<br>
    libm.so.6 =&gt; /lib/tls/libm.so.6 (0x004d5000)<br>    libgcc_s.so.1 =&gt; /lib/libgcc_s.so.1 (0x0050c000)<br>    libpthread.so.0 =&gt; /lib/tls/libpthread.so.0 (0x005ed000)<br>    libc.so.6 =&gt; /lib/tls/libc.so.6 (0x003a2000)<br>
    libimf.so =&gt; /nas/y1gao/soft/intel-11.1.072/lib/ia32/libimf.so (0x400dc000)<br>    libsvml.so =&gt; /nas/y1gao/soft/intel-11.1.072/lib/ia32/libsvml.so (0x40341000)<br>    libintlc.so.5 =&gt; /nas/y1gao/soft/intel-11.1.072/lib/ia32/libintlc.so.5 (0x4046c000)<br>
    /lib/ld-linux.so.2 (0x00384000)<br>/home/y1gao/soft/gromacs-4.0.5/bin/mdrun_mpi<br>    libnsl.so.1 =&gt; /lib/libnsl.so.1 (0x0054c000)<br>    libm.so.6 =&gt; /lib/tls/libm.so.6 (0x004d5000)<br>    libSM.so.6 =&gt; /usr/X11R6/lib/libSM.so.6 (0x004fa000)<br>
    libICE.so.6 =&gt; /usr/X11R6/lib/libICE.so.6 (0x00611000)<br>    libX11.so.6 =&gt; /usr/X11R6/lib/libX11.so.6 (0x40008000)<br>    libmpi.so.0 =&gt; /home/y1gao/soft/openmpi-1.4.2/lib/libmpi.so.0 (0x400e7000)<br>    libopen-rte.so.0 =&gt; /home/y1gao/soft/openmpi-1.4.2/lib/libopen-rte.so.0 (0x40299000)<br>
    libopen-pal.so.0 =&gt; /home/y1gao/soft/openmpi-1.4.2/lib/libopen-pal.so.0 (0x40310000)<br>    libnuma.so.1 =&gt; /usr/lib/libnuma.so.1 (0x004cf000)<br>    libdl.so.2 =&gt; /lib/libdl.so.2 (0x40368000)<br>    libutil.so.1 =&gt; /lib/libutil.so.1 (0x00516000)<br>
    libgcc_s.so.1 =&gt; /lib/libgcc_s.so.1 (0x0050c000)<br>    libpthread.so.0 =&gt; /lib/tls/libpthread.so.0 (0x005ed000)<br>    libc.so.6 =&gt; /lib/tls/libc.so.6 (0x003a2000)<br>    /lib/ld-linux.so.2 (0x00384000)<br>    libimf.so =&gt; /nas/y1gao/soft/intel-11.1.072/lib/ia32/libimf.so (0x4036d000)<br>
    libsvml.so =&gt; /nas/y1gao/soft/intel-11.1.072/lib/ia32/libsvml.so (0x405d2000)<br>    libintlc.so.5 =&gt; /nas/y1gao/soft/intel-11.1.072/lib/ia32/libintlc.so.5 (0x406fc000)<br>######################################################################################################<br>
---------------------------------------------------------------------------------------<br>Warning: Permanently added &#39;compute-2-21.local&#39; (RSA) to the list of known hosts.<br>Permission denied, please try again.<br>
Permission denied, please try again.<br>Permission denied (publickey,gssapi-with-mic,password).<br>--------------------------------------------------------------------------<br>A daemon (pid 11510) died unexpectedly with status 129 while attempting<br>
to launch so we are aborting.<br><br>There may be more information reported by the environment (see above).<br><br>This may be because the daemon was unable to find all the needed shared<br>libraries on the remote node. You may set your LD_LIBRARY_PATH to have the<br>
location of the shared libraries on the remote nodes and this will<br>automatically be forwarded to the remote nodes.<br>--------------------------------------------------------------------------<br>--------------------------------------------------------------------------<br>
mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process<br>that caused that situation.<br>--------------------------------------------------------------------------<br>mpirun: clean termination accomplished<br>
------------------------------------------------------------------------------------<br><br><br>I got this error when I started the parallel runs of the gromacs on the cluster via MPI.<br>My compiling procedure was: intel_fortran_11.1.072 --&gt; intel_c++_11.1.072 --&gt; openmpi 1.4.2--&gt; fftw3.2.2 --&gt; gromacs4.0.5<br>
(LAM/MPI was already installed but does not work properly.)<br><br clear="all"><br>-- <br>Yan <br>