Hi,<div><br></div><div>I want to use the Andersen Thermostat (not v-rescale). But I get an error when I try to use it. My mdp file is as below:</div><div><br></div><div><div>title                    =NPT simulation for a 2D WCA system</div>
<div>cpp                      =/lib/cpp</div><div><br></div><div>; RUN CONTROL PARAMETERS</div><div>integrator               = md</div><div>dt                       = 0.0005</div><div>nsteps                   = 400</div><div>
<br></div><div>; OUTPUT CONTROL OPTIONS</div><div>nstxout                  = 50  ; No output, except for last frame (coordinates)</div><div>nstvout                  = 0    ; No output, except for last frame (velocities)</div>
<div>nstfout                  = 0    ; No output, except for last frame (forces)</div><div>nstlog                   = 100   ; Write every nth step to the log</div><div>nstenergy                = 100     ; Write energies at every n step</div>
<div>nstxtcout                = 0     ; Do not write a compressed tr</div><div><br></div><div>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS</div><div>nstlist                  = 10</div><div>ns-type                  = Grid</div><div>pbc                      = xyz</div>
<div>rlist                    = 0.9</div><div><br></div><div>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW</div><div>coulombtype              = Cut-off</div><div>rcoulomb                 = 1.1225</div><div>vdw-type                 = Cut-off</div>
<div>rvdw                     = 1.1225</div><div><br></div><div>; Temperature coupling</div><div>tcoupl                   = Andersen</div><div>tc-grps                  = ARAR</div><div>tau_t                    = 0.1</div>
<div>ref_t                    = 120.2717</div><div>andersen_seed            =-1</div><div><br></div><div>; Pressure coupling</div><div>pcoupl                   = Berendsen</div><div>pcoupltype               = semiisotropic</div>
<div>tau-p                    = 0.20 0.20</div><div>compressibility          = 1e-5  0   ;Dont know</div><div>ref-p                    = 50 0</div><div><br></div><div><br></div><div>;Generate velocities for startup run</div>
<div>gen_vel                  =yes</div><div>gen_temp                 =120.2717</div><div>gen_seed                 =-1</div><div><br></div><div><div>;Constraints</div><div>constraints             = all-bonds</div><div>constraint_algorithm    = LINCS</div>
<div>lincs_order             = 4</div><div>lincs_iter              = 1   </div><div>lincs_warnangle         = 90</div><div>;unconstrained_start    = no</div><div>;shake_tol              = 0.0001</div><div><br></div></div>
<div><br></div><div><br></div>Any idea why this would not work?</div><div><br></div><div>Pooja</div><div><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
</div>