<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello&nbsp;<div><br></div><div>I have sent several emails and i am sorry. It is my last attempt to finish this simulation.</div><div>The molecule i have is C-C-C-C-C-C-O-C-C-O-C-C-O-H or C10H1O3. (ciej molecule)</div><div><br></div><div>I dont use gromacs libraries</div><div>the files i use are attached to the email in which i have descriped step by step the forcefield i use.&nbsp;</div><div>as you can see in [pairs] i have an extra non Lj 1-4 pair. i did it because the model i use has a potential between atom 10 and 14 ether oxygen and alchohol hydrogen interaction. It is described in the paper as a repulsive energy between these two atoms. and it has a formula:</div><div><br></div><div>Erepulsive =&nbsp;3.325789e-7/r^12</div><div><br></div><div>the only way to import in gromacs i think is this:</div><div><br></div><div><div>[ pairs ]</div><div>; ai aj
 funct&nbsp;</div><div>10 14 &nbsp; &nbsp;2 0 0 0 0 3.325789e-7</div></div><div><br></div><div>it is an intra-molecular only interaction. so i couldnt think another way to do it except this. as you can see i have several zeros for the charges, C6=o and C12 =&nbsp;3.325789e-7 fidgeQQ=0 for this case</div><div><br></div><div>the problem is i get positive total energy. i did this sim for only one molecule just to see what is wrong and i think that coulomb (SR) are wrong for sure.</div><div><br></div><div>so i want&nbsp;</div><div><br></div><div>coulomb 1-4 /2 &nbsp; !thats why i put fudgeQQ = 0.5</div><div><br></div><div>the values i get at the step 0 are</div><div><br></div><div><div>Energies (kJ/mol)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Angle &nbsp; &nbsp;Proper Dih. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LJ-14 &nbsp; &nbsp; Coulomb-14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LJ (SR)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;2.30340e+03 &nbsp; &nbsp;1.08417e+00 &nbsp;
 &nbsp;3.16570e+00 &nbsp; &nbsp;8.79204e+04 &nbsp; -2.54164e+03</div><div>&nbsp;&nbsp;Disper. corr. &nbsp; Coulomb (SR) &nbsp; Coul. recip. &nbsp; &nbsp; &nbsp;Potential &nbsp; &nbsp;Kinetic En.</div><div>&nbsp;&nbsp; -2.51250e+00 &nbsp; -4.81042e+04 &nbsp; -2.84931e+04 &nbsp; &nbsp;1.10867e+04 &nbsp; &nbsp;1.84852e+04</div><div>&nbsp;&nbsp; Total Energy &nbsp; &nbsp;Temperature Pressure (bar) &nbsp;Cons. rmsd ()</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;2.95719e+04 &nbsp; &nbsp;2.99528e+02 &nbsp; -3.03583e+02 &nbsp; &nbsp;3.13477e-06</div></div><div><br></div><div>tell me please how is this possible</div><div><br></div><div>thanks in advance and i am sorry once again</div><div><br></div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></td></tr></table><br>