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Yes, but that is done before starting the simulation, so your total energy<br>will still be nicely constant.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Mon, 14 Jun 2010 11:55:18 +0200<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] No Energy Conservation in NVE simulation of liquid         mixtures<br>&gt; From: tsjerkw@gmail.com<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; <br>&gt; Hey :)<br>&gt; <br>&gt; Errm, you subtract the overall linear momentum. That affects the<br>&gt; kinetic energy, decreasing it, doesn't it?<br>&gt; <br>&gt; Tsjerk<br>&gt; <br>&gt; On Mon, Jun 14, 2010 at 10:59 AM, Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt; wrote:<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Why not?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; Date: Mon, 14 Jun 2010 08:19:30 +0200<br>&gt; &gt;&gt; Subject: Re: [gmx-users] No Energy Conservation in NVE simulation of<br>&gt; &gt;&gt; liquid mixtures<br>&gt; &gt;&gt; From: tsjerkw@gmail.com<br>&gt; &gt;&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Hi Godwin,<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; I noticed you're removing center of mass motion, which you shouldn't for<br>&gt; &gt;&gt; NVE.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Cheers,<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Tsjerk<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; On Mon, Jun 14, 2010 at 4:09 AM, Godwin Kanu &lt;biggugo@live.com&gt; wrote:<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Hi GMX Users,<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; I am having difficulties getting gromacs to conserve energy (I<br>&gt; &gt;&gt; &gt; experience a<br>&gt; &gt;&gt; &gt; directional drift)&nbsp;when I do an NVE simulation of mixtures (i tried both<br>&gt; &gt;&gt; &gt; THF/water and water/methanol). But when I do simulation of a pure liquid<br>&gt; &gt;&gt; &gt; it<br>&gt; &gt;&gt; &gt; works great. I have tried tinkering with a lot of stuff including the<br>&gt; &gt;&gt; &gt; electrostatic interaction and making sure the combination rules for<br>&gt; &gt;&gt; &gt; non-bonded interactions work as it is supposed to. I usually start with<br>&gt; &gt;&gt; &gt; an<br>&gt; &gt;&gt; &gt; NVT simulation to equilibriate it at the temperature I'm interested in<br>&gt; &gt;&gt; &gt; before removing the temperature bath to do an equilibration run&nbsp;in<br>&gt; &gt;&gt; &gt; the&nbsp;microcanonical ensemble. I have attached some of my input files for<br>&gt; &gt;&gt; &gt; you<br>&gt; &gt;&gt; &gt; to examine. I'm using GROMACS version 4.0.5 parallel.<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Thanks<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Godwin.<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; ________________________________<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Hotmail has tools for the New Busy. Search, chat and e-mail from your<br>&gt; &gt;&gt; &gt; inbox.<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Learn more.<br>&gt; &gt;&gt; &gt; --<br>&gt; &gt;&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt;&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; --<br>&gt; &gt;&gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; post-doctoral researcher<br>&gt; &gt;&gt; Molecular Dynamics Group<br>&gt; &gt;&gt; Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>&gt; &gt;&gt; University of Groningen<br>&gt; &gt;&gt; The Netherlands<br>&gt; &gt;&gt; --<br>&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ________________________________<br>&gt; &gt; New Windows 7: Find the right PC for you. Learn more.<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>&gt; <br>&gt; post-doctoral researcher<br>&gt; Molecular Dynamics Group<br>&gt; Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>&gt; University of Groningen<br>&gt; The Netherlands<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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