<DIV>Dear all,</DIV>
<DIV>Thanks very much for Justin A. Lemkul's explanations! I have got the idea.</DIV>
<DIV>I have a problem of my mailing list, I can't receive the independent mails from mailing list as before. I can only get the Digest, is there something wrong with my e-mail box? Thanks very much!</DIV>
<DIV>All the best,</DIV>
<DIV>fancy<BR></DIV>
<DIV></DIV><BR><PRE><BR>ÔÚ2010-06-14£¬gmx-users-request@gromacs.org&nbsp;дµÀ£º
&gt;Send&nbsp;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list&nbsp;submissions&nbsp;to
&gt;        gmx-users@gromacs.org
&gt;
&gt;To&nbsp;subscribe&nbsp;or&nbsp;unsubscribe&nbsp;via&nbsp;the&nbsp;World&nbsp;Wide&nbsp;Web,&nbsp;visit
&gt;        http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
&gt;or,&nbsp;via&nbsp;email,&nbsp;send&nbsp;a&nbsp;message&nbsp;with&nbsp;subject&nbsp;or&nbsp;body&nbsp;'help'&nbsp;to
&gt;        gmx-users-request@gromacs.org
&gt;
&gt;You&nbsp;can&nbsp;reach&nbsp;the&nbsp;person&nbsp;managing&nbsp;the&nbsp;list&nbsp;at
&gt;        gmx-users-owner@gromacs.org
&gt;
&gt;When&nbsp;replying,&nbsp;please&nbsp;edit&nbsp;your&nbsp;Subject&nbsp;line&nbsp;so&nbsp;it&nbsp;is&nbsp;more&nbsp;specific
&gt;than&nbsp;"Re:&nbsp;Contents&nbsp;of&nbsp;gmx-users&nbsp;digest..."
&gt;
&gt;
&gt;Today's&nbsp;Topics:
&gt;
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.&nbsp;epsilon_r&nbsp;(fancy2012)
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.&nbsp;soft-core&nbsp;(fancy2012)
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3.&nbsp;Re:&nbsp;Andersen&nbsp;thermostat&nbsp;(Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul)
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4.&nbsp;Re:&nbsp;epsilon_r&nbsp;(Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul)
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5.&nbsp;Re:&nbsp;soft-core&nbsp;(Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul)
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.&nbsp;Adding&nbsp;Partial&nbsp;Charges&nbsp;for&nbsp;Small&nbsp;Molecules&nbsp;(Nancy)
&gt;
&gt;
&gt;----------------------------------------------------------------------
&gt;
&gt;Message:&nbsp;1
&gt;Date:&nbsp;Sun,&nbsp;13&nbsp;Jun&nbsp;2010&nbsp;18:59:51&nbsp;+0800&nbsp;(CST)
&gt;From:&nbsp;fancy2012&nbsp;&lt;fancy2012@yeah.net&gt;
&gt;Subject:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;epsilon_r
&gt;To:&nbsp;gmx-users&nbsp;&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;
&gt;Message-ID:&nbsp;&lt;6db141e8.4de3.12930f729e2.Coremail.fancy2012@yeah.net&gt;
&gt;Content-Type:&nbsp;text/plain;&nbsp;charset="gbk"
&gt;
&gt;Dear&nbsp;GMX&nbsp;users,
&gt;&nbsp;
&gt;I&nbsp;find&nbsp;this&nbsp;parameter&nbsp;epsilon_r&nbsp;&nbsp;in&nbsp;a&nbsp;tutorial&nbsp;of&nbsp;free&nbsp;energy&nbsp;calculation,&nbsp;but&nbsp;I&nbsp;don't&nbsp;know&nbsp;its&nbsp;meaning.&nbsp;And&nbsp;also&nbsp;I&nbsp;can't&nbsp;find&nbsp;it&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;manual&nbsp;of&nbsp;version&nbsp;4.&nbsp;Could&nbsp;somebody&nbsp;explain&nbsp;it&nbsp;for&nbsp;me?&nbsp;Thanks&nbsp;very&nbsp;much!
&gt;&nbsp;
&gt;All&nbsp;the&nbsp;best,
&gt;fancy
&gt;--------------&nbsp;next&nbsp;part&nbsp;--------------
&gt;An&nbsp;HTML&nbsp;attachment&nbsp;was&nbsp;scrubbed...
&gt;URL:&nbsp;http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100613/c82201e3/attachment-0001.html
&gt;
&gt;------------------------------
&gt;
&gt;Message:&nbsp;2
&gt;Date:&nbsp;Sun,&nbsp;13&nbsp;Jun&nbsp;2010&nbsp;19:14:24&nbsp;+0800&nbsp;(CST)
&gt;From:&nbsp;fancy2012&nbsp;&lt;fancy2012@yeah.net&gt;
&gt;Subject:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;soft-core
&gt;To:&nbsp;gmx-users&nbsp;&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;
&gt;Message-ID:&nbsp;&lt;7fc8ee26.4ec3.12931047b26.Coremail.fancy2012@yeah.net&gt;
&gt;Content-Type:&nbsp;text/plain;&nbsp;charset="gbk"
&gt;
&gt;Dear&nbsp;GMX&nbsp;users,
&gt;when&nbsp;I&nbsp;generate&nbsp;the&nbsp;input&nbsp;file&nbsp;of&nbsp;MD&nbsp;simulation&nbsp;using&nbsp;grompp,&nbsp;I&nbsp;get&nbsp;this&nbsp;error:&nbsp;ERROR:&nbsp;The&nbsp;soft-core&nbsp;power&nbsp;is&nbsp;0&nbsp;and&nbsp;can&nbsp;only&nbsp;be&nbsp;1&nbsp;or&nbsp;2.&nbsp;I&nbsp;don't&nbsp;know&nbsp;how&nbsp;to&nbsp;figure&nbsp;it&nbsp;out?&nbsp;&nbsp;Could&nbsp;somebody&nbsp;give&nbsp;me&nbsp;a&nbsp;hand?&nbsp;Thanks&nbsp;very&nbsp;much&nbsp;in&nbsp;advance!
&gt;Here&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;mdp&nbsp;file:
&gt;cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;/lib/cpp
&gt;constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;all-bonds
&gt;integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;md
&gt;tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.0
&gt;dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt;nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;25000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt;nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1
&gt;nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;10000
&gt;nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0
&gt;nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0
&gt;nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;500
&gt;nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;250
&gt;nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000
&gt;xtc_precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000
&gt;xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Protein&nbsp;
&gt;nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;5
&gt;energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Protein&nbsp;SOL
&gt;ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;grid
&gt;rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.9
&gt;coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Reaction-Field
&gt;epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;78.0
&gt;rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.4
&gt;rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.4
&gt;Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Berendsen
&gt;tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Protein&nbsp;SOL
&gt;ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;300&nbsp;300
&gt;tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.1&nbsp;0.1
&gt;Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Berendsen
&gt;tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0
&gt;compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;4.6e-5
&gt;ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0
&gt;free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;yes
&gt;init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.00
&gt;sc-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.51
&gt;
&gt;All&nbsp;the&nbsp;best,
&gt;fancy
&gt;&nbsp;
&gt;&nbsp;
&gt;--------------&nbsp;next&nbsp;part&nbsp;--------------
&gt;An&nbsp;HTML&nbsp;attachment&nbsp;was&nbsp;scrubbed...
&gt;URL:&nbsp;http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100613/5c69634e/attachment-0001.html
&gt;
&gt;------------------------------
&gt;
&gt;Message:&nbsp;3
&gt;Date:&nbsp;Sun,&nbsp;13&nbsp;Jun&nbsp;2010&nbsp;19:53:28&nbsp;-0400
&gt;From:&nbsp;"Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul"&nbsp;&lt;jalemkul@vt.edu&gt;
&gt;Subject:&nbsp;Re:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;Andersen&nbsp;thermostat
&gt;To:&nbsp;Discussion&nbsp;list&nbsp;for&nbsp;GROMACS&nbsp;users&nbsp;&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;
&gt;Message-ID:&nbsp;&lt;4C156F78.5050907@vt.edu&gt;
&gt;Content-Type:&nbsp;text/plain;&nbsp;charset=ISO-8859-1;&nbsp;format=flowed
&gt;
&gt;
&gt;
&gt;Sai&nbsp;Pooja&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;Hi,
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;use&nbsp;the&nbsp;Andersen&nbsp;Thermostat&nbsp;(not&nbsp;v-rescale).&nbsp;But&nbsp;I&nbsp;get&nbsp;an&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;error&nbsp;when&nbsp;I&nbsp;try&nbsp;to&nbsp;use&nbsp;it.&nbsp;My&nbsp;mdp&nbsp;file&nbsp;is&nbsp;as&nbsp;below:
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;
&gt;My&nbsp;guess&nbsp;is&nbsp;that&nbsp;the&nbsp;error&nbsp;stems&nbsp;from&nbsp;the&nbsp;fact&nbsp;that&nbsp;the&nbsp;Andersen&nbsp;thermostat&nbsp;has&nbsp;
&gt;not&nbsp;been&nbsp;implemented&nbsp;in&nbsp;Gromacs.&nbsp;&nbsp;Manual&nbsp;section&nbsp;7.3.14.
&gt;
&gt;-Justin
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=NPT&nbsp;simulation&nbsp;for&nbsp;a&nbsp;2D&nbsp;WCA&nbsp;system
&gt;&gt;&nbsp;cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=/lib/cpp
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;&nbsp;RUN&nbsp;CONTROL&nbsp;PARAMETERS
&gt;&gt;&nbsp;integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;md
&gt;&gt;&nbsp;dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0.0005
&gt;&gt;&nbsp;nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;400
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;&nbsp;OUTPUT&nbsp;CONTROL&nbsp;OPTIONS
&gt;&gt;&nbsp;nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;50&nbsp;&nbsp;;&nbsp;No&nbsp;output,&nbsp;except&nbsp;for&nbsp;last&nbsp;frame&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;(coordinates)
&gt;&gt;&nbsp;nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;&nbsp;No&nbsp;output,&nbsp;except&nbsp;for&nbsp;last&nbsp;frame&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;(velocities)
&gt;&gt;&nbsp;nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;&nbsp;No&nbsp;output,&nbsp;except&nbsp;for&nbsp;last&nbsp;frame&nbsp;(forces)
&gt;&gt;&nbsp;nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;100&nbsp;&nbsp;&nbsp;;&nbsp;Write&nbsp;every&nbsp;nth&nbsp;step&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;log
&gt;&gt;&nbsp;nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;&nbsp;Write&nbsp;energies&nbsp;at&nbsp;every&nbsp;n&nbsp;step
&gt;&gt;&nbsp;nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;&nbsp;Do&nbsp;not&nbsp;write&nbsp;a&nbsp;compressed&nbsp;tr
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;&nbsp;NEIGHBORSEARCHING&nbsp;PARAMETERS
&gt;&gt;&nbsp;nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;10
&gt;&gt;&nbsp;ns-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;Grid
&gt;&gt;&nbsp;pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;xyz
&gt;&gt;&nbsp;rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0.9
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;&nbsp;OPTIONS&nbsp;FOR&nbsp;ELECTROSTATICS&nbsp;AND&nbsp;VDW
&gt;&gt;&nbsp;coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;Cut-off
&gt;&gt;&nbsp;rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;1.1225
&gt;&gt;&nbsp;vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;Cut-off
&gt;&gt;&nbsp;rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;1.1225
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;&nbsp;Temperature&nbsp;coupling
&gt;&gt;&nbsp;tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;Andersen
&gt;&gt;&nbsp;tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;ARAR
&gt;&gt;&nbsp;tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0.1
&gt;&gt;&nbsp;ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;120.2717
&gt;&gt;&nbsp;andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=-1
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;&nbsp;Pressure&nbsp;coupling
&gt;&gt;&nbsp;pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;Berendsen
&gt;&gt;&nbsp;pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;semiisotropic
&gt;&gt;&nbsp;tau-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0.20&nbsp;0.20
&gt;&gt;&nbsp;compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;1e-5&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;;Dont&nbsp;know
&gt;&gt;&nbsp;ref-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;50&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;Generate&nbsp;velocities&nbsp;for&nbsp;startup&nbsp;run
&gt;&gt;&nbsp;gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=yes
&gt;&gt;&nbsp;gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=120.2717
&gt;&gt;&nbsp;gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=-1
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;Constraints
&gt;&gt;&nbsp;constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;all-bonds
&gt;&gt;&nbsp;constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;LINCS
&gt;&gt;&nbsp;lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;4
&gt;&gt;&nbsp;lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;90
&gt;&gt;&nbsp;;unconstrained_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;no
&gt;&gt;&nbsp;;shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0.0001
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Any&nbsp;idea&nbsp;why&nbsp;this&nbsp;would&nbsp;not&nbsp;work?
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Pooja
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;--&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Quaerendo&nbsp;Invenietis-Seek&nbsp;and&nbsp;you&nbsp;shall&nbsp;discover.
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;
&gt;--&nbsp;
&gt;========================================
&gt;
&gt;Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul
&gt;Ph.D.&nbsp;Candidate
&gt;ICTAS&nbsp;Doctoral&nbsp;Scholar
&gt;MILES-IGERT&nbsp;Trainee
&gt;Department&nbsp;of&nbsp;Biochemistry
&gt;Virginia&nbsp;Tech
&gt;Blacksburg,&nbsp;VA
&gt;jalemkul[at]vt.edu&nbsp;|&nbsp;(540)&nbsp;231-9080
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
&gt;
&gt;========================================
&gt;
&gt;
&gt;------------------------------
&gt;
&gt;Message:&nbsp;4
&gt;Date:&nbsp;Sun,&nbsp;13&nbsp;Jun&nbsp;2010&nbsp;19:55:13&nbsp;-0400
&gt;From:&nbsp;"Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul"&nbsp;&lt;jalemkul@vt.edu&gt;
&gt;Subject:&nbsp;Re:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;epsilon_r
&gt;To:&nbsp;Discussion&nbsp;list&nbsp;for&nbsp;GROMACS&nbsp;users&nbsp;&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;
&gt;Message-ID:&nbsp;&lt;4C156FE1.3010100@vt.edu&gt;
&gt;Content-Type:&nbsp;text/plain;&nbsp;charset=UTF-8;&nbsp;format=flowed
&gt;
&gt;
&gt;
&gt;fancy2012&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;Dear&nbsp;GMX&nbsp;users,
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;find&nbsp;this&nbsp;parameter&nbsp;epsilon_r&nbsp;&nbsp;in&nbsp;a&nbsp;tutorial&nbsp;of&nbsp;free&nbsp;energy&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;calculation,&nbsp;but&nbsp;I&nbsp;don't&nbsp;know&nbsp;its&nbsp;meaning.&nbsp;And&nbsp;also&nbsp;I&nbsp;can't&nbsp;find&nbsp;it&nbsp;in&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;the&nbsp;manual&nbsp;of&nbsp;version&nbsp;4.&nbsp;Could&nbsp;somebody&nbsp;explain&nbsp;it&nbsp;for&nbsp;me?&nbsp;Thanks&nbsp;very&nbsp;much!
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;
&gt;Well,&nbsp;it's&nbsp;certainly&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;manual&nbsp;-&nbsp;section&nbsp;7.3.10.
&gt;
&gt;-Justin
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;All&nbsp;the&nbsp;best,
&gt;&gt;&nbsp;fancy
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;
&gt;--&nbsp;
&gt;========================================
&gt;
&gt;Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul
&gt;Ph.D.&nbsp;Candidate
&gt;ICTAS&nbsp;Doctoral&nbsp;Scholar
&gt;MILES-IGERT&nbsp;Trainee
&gt;Department&nbsp;of&nbsp;Biochemistry
&gt;Virginia&nbsp;Tech
&gt;Blacksburg,&nbsp;VA
&gt;jalemkul[at]vt.edu&nbsp;|&nbsp;(540)&nbsp;231-9080
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
&gt;
&gt;========================================
&gt;
&gt;
&gt;------------------------------
&gt;
&gt;Message:&nbsp;5
&gt;Date:&nbsp;Sun,&nbsp;13&nbsp;Jun&nbsp;2010&nbsp;19:56:36&nbsp;-0400
&gt;From:&nbsp;"Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul"&nbsp;&lt;jalemkul@vt.edu&gt;
&gt;Subject:&nbsp;Re:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;soft-core
&gt;To:&nbsp;Discussion&nbsp;list&nbsp;for&nbsp;GROMACS&nbsp;users&nbsp;&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;
&gt;Message-ID:&nbsp;&lt;4C157034.70404@vt.edu&gt;
&gt;Content-Type:&nbsp;text/plain;&nbsp;charset=UTF-8;&nbsp;format=flowed
&gt;
&gt;
&gt;
&gt;fancy2012&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;Dear&nbsp;GMX&nbsp;users,
&gt;&gt;&nbsp;when&nbsp;I&nbsp;generate&nbsp;the&nbsp;input&nbsp;file&nbsp;of&nbsp;MD&nbsp;simulation&nbsp;using&nbsp;grompp,&nbsp;I&nbsp;get&nbsp;this&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;error:&nbsp;ERROR:&nbsp;The&nbsp;soft-core&nbsp;power&nbsp;is&nbsp;0&nbsp;and&nbsp;can&nbsp;only&nbsp;be&nbsp;1&nbsp;or&nbsp;2.&nbsp;I&nbsp;don't&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;know&nbsp;how&nbsp;to&nbsp;figure&nbsp;it&nbsp;out?&nbsp;&nbsp;Could&nbsp;somebody&nbsp;give&nbsp;me&nbsp;a&nbsp;hand?&nbsp;Thanks&nbsp;very&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;much&nbsp;in&nbsp;advance!
&gt;
&gt;You&nbsp;haven't&nbsp;specified&nbsp;a&nbsp;value&nbsp;for&nbsp;sc-power,&nbsp;so&nbsp;the&nbsp;default&nbsp;of&nbsp;zero&nbsp;is&nbsp;taken.&nbsp;
&gt;Manual&nbsp;section&nbsp;7.3.23.
&gt;
&gt;-Justin
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;Here&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;mdp&nbsp;file:
&gt;&gt;&nbsp;cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;/lib/cpp
&gt;&gt;&nbsp;constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;all-bonds
&gt;&gt;&nbsp;integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;md
&gt;&gt;&nbsp;tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.0
&gt;&gt;&nbsp;dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;25000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1
&gt;&gt;&nbsp;nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;10000
&gt;&gt;&nbsp;nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;500
&gt;&gt;&nbsp;nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;250
&gt;&gt;&nbsp;nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000
&gt;&gt;&nbsp;xtc_precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000
&gt;&gt;&nbsp;xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Protein
&gt;&gt;&nbsp;nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;5
&gt;&gt;&nbsp;energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Protein&nbsp;SOL
&gt;&gt;&nbsp;ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;grid
&gt;&gt;&nbsp;rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.9
&gt;&gt;&nbsp;coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Reaction-Field
&gt;&gt;&nbsp;epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;78.0
&gt;&gt;&nbsp;rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.4
&gt;&gt;&nbsp;rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.4
&gt;&gt;&nbsp;Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Berendsen
&gt;&gt;&nbsp;tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Protein&nbsp;SOL
&gt;&gt;&nbsp;ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;300&nbsp;300
&gt;&gt;&nbsp;tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.1&nbsp;0.1
&gt;&gt;&nbsp;Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Berendsen
&gt;&gt;&nbsp;tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0
&gt;&gt;&nbsp;compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;4.6e-5
&gt;&gt;&nbsp;ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0
&gt;&gt;&nbsp;free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;yes
&gt;&gt;&nbsp;init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.00
&gt;&gt;&nbsp;sc-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.51
&gt;&gt;&nbsp;All&nbsp;the&nbsp;best,
&gt;&gt;&nbsp;fancy
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;
&gt;--&nbsp;
&gt;========================================
&gt;
&gt;Justin&nbsp;A.&nbsp;Lemkul
&gt;Ph.D.&nbsp;Candidate
&gt;ICTAS&nbsp;Doctoral&nbsp;Scholar
&gt;MILES-IGERT&nbsp;Trainee
&gt;Department&nbsp;of&nbsp;Biochemistry
&gt;Virginia&nbsp;Tech
&gt;Blacksburg,&nbsp;VA
&gt;jalemkul[at]vt.edu&nbsp;|&nbsp;(540)&nbsp;231-9080
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
&gt;
&gt;========================================
&gt;
&gt;
&gt;------------------------------
&gt;
&gt;Message:&nbsp;6
&gt;Date:&nbsp;Sun,&nbsp;13&nbsp;Jun&nbsp;2010&nbsp;20:44:32&nbsp;-0400
&gt;From:&nbsp;Nancy&nbsp;&lt;nancy5villa@gmail.com&gt;
&gt;Subject:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;Adding&nbsp;Partial&nbsp;Charges&nbsp;for&nbsp;Small&nbsp;Molecules
&gt;To:&nbsp;Discussion&nbsp;list&nbsp;for&nbsp;GROMACS&nbsp;users&nbsp;&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;
&gt;Message-ID:
&gt;        &lt;AANLkTimFLvxqbiO-d6ddWNyLTn_tJuZtIKDRR5JkoSvt@mail.gmail.com&gt;
&gt;Content-Type:&nbsp;text/plain;&nbsp;charset="iso-8859-1"
&gt;
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&gt;A&nbsp;non-text&nbsp;attachment&nbsp;was&nbsp;scrubbed...
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&gt;Type:&nbsp;application/octet-stream
&gt;Size:&nbsp;7048&nbsp;bytes
&gt;Desc:&nbsp;not&nbsp;available
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&gt;A&nbsp;non-text&nbsp;attachment&nbsp;was&nbsp;scrubbed...
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&gt;Desc:&nbsp;not&nbsp;available
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&gt;
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&gt;
&gt;--&nbsp;
&gt;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list
&gt;gmx-users@gromacs.org
&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
&gt;Please&nbsp;search&nbsp;the&nbsp;archive&nbsp;at&nbsp;http://www.gromacs.org/search&nbsp;before&nbsp;posting!
&gt;
&gt;End&nbsp;of&nbsp;gmx-users&nbsp;Digest,&nbsp;Vol&nbsp;74,&nbsp;Issue&nbsp;73
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