<div dir="ltr">Hi all:<div>    I was using Parrinello-Rahman for pressure coupling and here is the mdp file:</div><div><br></div><div><div>; RUN CONTROL PARAMETERS =</div><div>integrator               = sd</div><div>; start time and timestep in ps =</div>

<div>tinit                    = 0</div><div>dt                       = 0.001</div><div>nsteps                   = 200000</div><div>; number of steps for center of mass motion removal =</div><div>nstcomm                  = 100</div>

<div>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =</div><div>; nblist update frequency =</div><div>nstlist                  = 50</div><div>; ns algorithm (simple or grid) =</div><div>ns_type                  = grid</div><div><br></div>

<div>;OPTIONS FOR PRESSURE COUPLING</div><div>Pcoupl                   = Parrinello-Rahman</div><div>pcoupltype               = anisotropic</div><div>tau_p                    = 1</div><div>compressibility          = 2.1645e-09  2.1645e-09 2.7322e-09 0 0 0</div>

<div>ref_p                    = 1 1 1 0 0 0</div><div>;OPTIONS FOR TEMPERATURE COUPLING</div><div>tc_grps                  = system</div><div>tau_t                    = 0.1</div><div>ref_t                    = 300</div><div>

; OPTIONS FOR BONDS     =</div><div>constraints              = hbonds</div><div>; Type of constraint algorithm =</div><div>constraint-algorithm     = Lincs</div><div>; Do not constrain the start configuration =</div><div>

unconstrained-start      = no</div><div>; Relative tolerance of shake =</div><div>shake-tol                = 0.0001</div><div>; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix =</div><div>lincs-order              = 12</div>

<div>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond =</div><div>; rotates over more degrees than =</div><div>lincs-warnangle          = 30</div><div>; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy</div><div>

pbc                      = xyz</div><div>periodic_molecules       = no</div><div>; nblist cut-off        </div><div>rlist                    = 1</div><div><br></div><div>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW</div><div>; Method for doing electrostatics</div>

<div>coulombtype              = PME</div><div>rcoulomb                 = 1</div><div>; Method for doing Van der Waals</div><div>vdw-type                 = Cut-off</div><div>; cut-off lengths       </div><div>rvdw                     = 1</div>

<div><br></div><div>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid</div><div>fourierspacing           = 0.12</div><div>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used</div><div>fourier_nx               = 0</div><div>
fourier_ny               = 0</div>
<div>fourier_nz               = 0</div><div>; EWALD/PME/PPPM parameters</div><div>pme_order                = 6</div><div>ewald_rtol               = 1e-4</div><div>ewald_geometry           = 3d</div><div>epsilon_surface          = 0</div>

<div>optimize_fft             = no</div><div><br></div><div> It seems that the temperature coupling is fast and fluctuation is less that 1%. But the pressure coupling fails. The pressure fluctuates from +1e3 bar to -1e3 bar. Anyone can help?</div>

<div><br></div><div><br></div>Thanks,<br>Shuangxing Dai<br>
</div></div>