Hi,<div><br></div><div>I want to run some MARTINI DPPC/water simulations using the microcanonical (NVE) ensemble.</div><div><br></div><div>I ran a long NVT simulation to make sure things were fully equilibrated. Then I took the .gro file as input and removed the temperature/pressure coupling options from my .mdp file. I also removed the center-of-mass-removal options. Unfortunately, the temperature decreases rather quickly from 323K to below 200K. I&#39;ve included my .mdp file below. Is there something obviously wrong with it? If not, are there other things I should try?</div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>-Michael</div><div><br></div><div><div>Pcoupl = no </div><div>DispCorr = No </div><div>gen_vel = no </div><div>integrator = md </div><div>nstvout = 100000 </div><div>epsilon_surface = 0 </div>

<div>nstlog = 2500 </div><div>nstenergy = 2500 </div><div>comm_mode = None </div><div>xtc_precision = 100 </div><div>rvdw_switch = 0.9 </div><div>epsilon_r = 15 </div><div>nstxtcout = 2500 </div><div>ewald_rtol = 1e-05 </div>

<div>continuation = yes </div><div>constraints = none </div><div>nsteps = 500000 </div><div>vdw_type = Shift </div><div>tcoupl = no </div><div>rlist = 1.2 </div><div>lincs_warnangle = 30 </div><div>xtc-grps = Prot </div>
<div>
lincs_order = 4 </div><div>dt = 0.02 </div><div>tinit = 0.0 </div><div>coulombtype = Shift </div><div>shake_tol = 0.0001 </div><div>nstlist = 5 </div><div>rcoulomb_switch = 0.0 </div><div>morse = no </div><div>nstxout = 100000 </div>

<div>annealing = no </div><div>constraint_algorithm = Lincs </div><div>pbc = xyz </div><div>rcoulomb = 1.2 </div><div>compressibility = 5e-5 5e-5 </div><div>energygrps = Prot SOL </div><div>ns_type = grid </div><div>nstfout = 0 </div>

<div>rvdw = 1.2 </div><div><br></div></div><div><br>-- <br>Michael Lerner, Ph.D.<br>IRTA Postdoctoral Fellow<br>Laboratory of Computational Biology NIH/NHLBI<br>5635 Fishers Lane, Room T909, MSC 9314<br>Rockville, MD 20852 (UPS/FedEx/Reality)<br>

Bethesda MD 20892-9314 (USPS)<br>
</div>