<br><br>----- Original Message -----<br>From: Alan &lt;alanwilter@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, June 15, 2010 0:22<br>Subject: [gmx-users] question about [ pairs ] and interaction 1-4<br>To: Gromacs &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi there,<div><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I mostly use ffamber and sometimes I look in oplsaa to understand how things are implemented in gromacs (4.0.5)</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have an example here, where 2 atoms, in a phosphate (see <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/File:1-hydrogenphosphate-3D-balls.png" target="1">http://en.wikipedia.org/wiki/File:1-hydrogenphosphate-3D-balls.png</a>) in 1-4 interaction that have opposite charges (0.473 x -0.787) and when doing a EM, the H will move towards and basically join one of the Oxygen of the phosphate (coulomb force clearly acting, but no LJ repulsion?).</div>  <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The definitions in the top file are:</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[ defaults ]</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; nbfunc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;comb-rule &nbsp; &nbsp; &nbsp; gen-pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp; fudgeLJ fudgeQQ</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; yes &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5 &nbsp; &nbsp; 0.8333</div>  </div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[ pairs ]</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; &nbsp; ai &nbsp; &nbsp; aj &nbsp; &nbsp;funct</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 ; &nbsp; &nbsp;HHO - O01 &nbsp;&nbsp;</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>What I was expecting is since I declared the pair 1, 4 in [ pairs ] &nbsp;and the parameters to be set 0 by omission (or am wrong here?) that such interaction between atoms HHO and O01 shouldn't happen, but clearly it's not what I see.<br><br>I think p112 implies that the [pairs] entries will look for parameters in [atomtypes], complain and use zeroes if lacking, and then apply fudges.<br><br>You could compare the results with [pairs] parameters explicitly set to zeroes.<br><br>Mark<br></div>  <div><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Yet I checked the manual, page 112 in particular.</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>It is the first time I come across an example where I have 2 atom in 1-4 interaction with such a large opposite charges.</div>  <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Is the behaviour I see OK, although apparently rare?</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Many thanks in advance,</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Alan<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-- <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  Department of Biochemistry, University of Cambridge. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt;&gt;<a href="http://www.bio.cam.ac.uk/%7Eawd28" target="1">http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28</a>&lt;&lt;<br> </div> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php