<br><br>----- Original Message -----<br>From: Rabab Toubar &lt;rtoubar@yahoo.com&gt;<br>Date: Wednesday, June 16, 2010 21:10<br>Subject: Re: [gmx-users] trjconv index file<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Cc: Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I want to extract the protein only without the waters. And from <br>&gt; the mailing list discussing trjconv, what I did was:<br>&gt; <br>&gt; make_ndx -f conf-protein <br>&gt; <br>&gt; trajconv -f pr.trr -n index.ndx -o pr_trj.trr<br>&gt; <br>&gt; , but I get file input/output error <br>&gt; <br>&gt; Am I missing something?<br><br>Yes. Your email is missing copied and pasted input and output :-) Your spelling mistake in "trjconv" is a giveaway.<br><br>Mark<br><br>&gt; Thanks<br>&gt; Rabab Toubar<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; --- On Tue, 6/15/10, Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt; wrote:<br>&gt; <br>&gt; From: Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] trjconv index file<br>&gt; To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; Date: Tuesday, June 15, 2010, 6:10 PM<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ----- Original Message -----<br>&gt; From: Rabab Toubar &lt;rtoubar@yahoo.com&gt;<br>&gt; Date: Wednesday, June 16, 2010 1:44<br>&gt; Subject: [gmx-users] trjconv index file<br>&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Trying to extract the protein from the md run without waters, <br>&gt; &gt; all the mailing lists suggests using an index file<br>&gt; &gt; &nbsp;before running trjconv, but I get file input/output error<br>&gt; &gt; &nbsp;Can someone give me more details on how to egt the index<br>&gt; &gt; &nbsp;file<br>&gt; <br>&gt; If you want useful help, you have to tell us exactly what you <br>&gt; did - copy and paste command lines and output.<br>&gt; <br>&gt; Otherwise, you'll just get people throwing up their hands and <br>&gt; giving you a reference to generic material, like <br>&gt; http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/Index_File<br>&gt; Mark<br>&gt; <br>&gt; -----Inline Attachment Follows-----<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php