<br><br>----- Original Message -----<br>From: Rabab Toubar &lt;rtoubar@yahoo.com&gt;<br>Date: Wednesday, June 16, 2010 1:44<br>Subject: [gmx-users] trjconv index file<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; <br>&gt; Trying to extract the protein from the md run without waters, <br>&gt; all the mailing lists suggests using an index file<br>&gt; &nbsp;before running trjconv, but I get file input/output error<br>&gt; &nbsp;Can someone give me more details on how to egt the index<br>&gt; &nbsp;file<br><br>If you want useful help, you have to tell us exactly what you did - copy and paste command lines and output.<br><br>Otherwise, you'll just get people throwing up their hands and giving you a reference to generic material, like http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/Index_File<br><br>Mark