<br><br>----- Original Message -----<br>From: Sebastian Waltz &lt;sebastian.waltz@physik.uni-freiburg.de&gt;<br>Date: Tuesday, June 15, 2010 22:09<br>Subject: [gmx-users] constraints bond length vari by 10%<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hi all,<br>&gt; <br>&gt; I added constraints on some bonds in my system by adding <br>&gt; <br>&gt; [ constraints ]<br>&gt; ;ai&nbsp;&nbsp;&nbsp;        aj        type        distance<br>&gt; &nbsp;&nbsp; 40        41        1        0.1230<br>&gt; &nbsp;&nbsp; 47        48        1        0.1230<br>&gt; &nbsp;&nbsp; 54        55        1        0.1230<br>&gt; &nbsp;&nbsp; 61        62        1        0.1230<br>&gt; <br>&gt; to me top file (CO double bonds) and in the mdp file <br>&gt; <br>&gt; constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; =&nbsp; none<br>&gt; <br>&gt; . I thought this should more or less fix my bond lengths.<br>&gt; Nether the less the bond lengths vary by 10%. Did I make<br>&gt; something or is it quite normal? What would be the way to<br>&gt; fix the bond length so that they vary only by ca. 1%.<br><br>You're using the right approach, but you've probably not put your [constraints] directive in the right [moleculetype], or used the wrong .top/.itp/.tpr file at some point.<br><br>Mark