<br><br>----- Original Message -----<br>From: Moeed &lt;lecielll@googlemail.com&gt;<br>Date: Wednesday, June 16, 2010 8:29<br>Subject: [gmx-users] nonbonded energy contributions<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hello Dear users,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I appreciate your help with the following issues.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> I am trying to extract interaction energies (non bonded) between hexane<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> molecules (vdw and electrostatics). I have used rerun program to exclude<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> intramolecular non bonded terms. In litrature people calculate these energies from vdw and electrostatics but <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>still I do not have a clear image on details of energy contributions. In GROMACS thre are good many options like SR, LR (PME/ dis correction).<br><br>Well that's your job to do some background reading. The GROMACS manual is a wonderful place to start. You will notice immediately that people in the literature were not using PME. There's an excellent reason for that, which follows immediately from how PME works.<br> <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>1-Can you please guide me for my hydrocarbon system what would be the best approach to get interaction energies? below are the enrgy terms I have at the moment. Do I need to include disp. corrections as well?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Please help me with excluding or includeing PME and disp.corr contributions.<br><br>You should read what these are about and make your own decision. You won't learn any other way :-)<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>            <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">         <title></title>         <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.1  (Unix)">         <style type="text/css">         <!--                 @page { margin: 2cm }                 P { margin-bottom: 0.21cm }         -->         </style>  <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift</font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>------------------------------------------------------------------------------</font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Angle                       4400.09 <br></font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Ryckaert-Bell.              1009.62 <br></font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>LJ-14                       648.411 <br></font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Coulomb-14                 -278.654 <br></font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>LJ (SR)                    -3010.16 <br></font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Coulomb (SR)                74.7846 <br></font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Coul. recip.               -78.0436 <br></font></font></p> <p style="margin-bottom: 0cm;"> </p> <p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Potential                   2766.05 <br></font></font></p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> 2- I have use nrexcl 7 in top file but I am still getting 1-4 interactions in breakdown! why is this heppening?<br><br>1-4 interactions are considered bonded, so nrexcl has no effect. You need to use gen-pairs = no, or zero out the fudgeLJ/QQ terms, or not use [pairs]<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><br></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>3- To calculate interaction energies can I sum up the energy contributions ? for example <br><p style="margin-bottom: 0cm;"> <font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>LJ-14                       648.411 + </font></font><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2">Coulomb-14                 -278.654 +LJ (SR)                    -3010.16</font></font><font size="2"><font face="Arial, sans-serif"> </font></font>+Coulomb (SR)                74.7846 =...</p><p style="margin-bottom: 0cm;">Yes. Whether this means anything is up to you :-)<br></p><p style="margin-bottom: 0cm;"></p><p style="margin-bottom: 0cm;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>4- About viewing the results: How can I plot the energy or force... vs. time ( graph)? I have found the program g_traj but it just lists the values ..no graph...!</p><p style="margin-bottom: 0cm;">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Graphing_Data</p><p style="margin-bottom: 0cm;">Mark<br> </p><font face="Arial, sans-serif"><font style="font-size: 9pt;" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font></font></font>