<br><br>----- Original Message -----<br>From: Carla Jamous &lt;carlajamous@gmail.com&gt;<br>Date: Thursday, June 17, 2010 0:36<br>Subject: [gmx-users] covariance analysis?<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi everyone,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>please I have a kind of theoretical question. I want to figure out if there's an allosteric relation between my ligand an a secondary structure (a loop or a helix) in my protein: if there motions are correlated. Is it possible to do that with a covariance analysis?<br><br>g_covar permits the fit and analysis groups to be different, which sounds like it's exactly what you want. See its documentation.<br><br>Mark