<br><br>----- Original Message -----<br>From: Lucio Ricardo Montero Valenzuela &lt;lucioric@ibt.unam.mx&gt;<br>Date: Thursday, June 17, 2010 7:34<br>Subject: [gmx-users] LIE in reruning PME NPT runs<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hello, I have run a MD for a protein-ligand complex, using the NPT<br>&gt; ensemble and PME. I know that one should not use LIE in a MD <br>&gt; that uses<br>&gt; PME, because of the long-range energy term. But, if I build a <br>&gt; new tpr<br>&gt; file using coulombtype = shift instead of PME, and I use mdout -<br>&gt; rerun to<br>&gt; generate new energy files, using the old trajectory files, but <br>&gt; the new<br>&gt; rules for energetic evaluation, ¿can I use that energy files for LIE?.<br><br>You'll get a number that is about as well-formed as the traditional LIE approach, however you should probably validate that expectation on a test case.<br><br>Mark