<br><br>----- Original Message -----<br>From: Dmitri Dubov &lt;ddubov@ngs.ru&gt;<br>Date: Thursday, June 17, 2010 13:43<br>Subject: Re[2]: [gmx-users] 5 identical simulations --&gt; 5 different results, why?<br>To: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;, Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br> <span><p><title>&lt;font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"&gt;&gt; &lt;/font&gt;Re[2]: [gmx-users] 5 identical simulations --&gt; 5 different results, why?</title> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"> <meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css"> <style type="text/css"><!-- body {   margin: 5px 5px 5px 5px;   background-color: #ffffff; } /* ========== Text Styles ========== */ hr { color: #000000} body, table /* Normal text */ {  font-size: 9pt;  font-family: 'Courier New';  font-style: normal;  font-weight: normal;  color: #000000;  text-decoration: none; } span.rvts1 /* Heading */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  font-weight: bold;  color: #0000ff; } span.rvts2 /* Subheading */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  font-weight: bold;  color: #000080; } span.rvts3 /* Keywords */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  font-style: italic;  color: #800000; } a.rvts4, span.rvts4 /* Jump 1 */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  color: #008000;  text-decoration: underline; } a.rvts5, span.rvts5 /* Jump 2 */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  color: #008000;  text-decoration: underline; } span.rvts6 {  font-weight: bold;  color: #800000; } span.rvts7 {  font-weight: bold;  color: #800080; } a.rvts8, span.rvts8 {  color: #0000ff;  text-decoration: underline; } span.rvts9 {  font-weight: bold;  color: #800080; } span.rvts10 {  font-size: 8pt;  font-family: 'arial';  font-style: italic;  color: #c0c0c0; } a.rvts11, span.rvts11 {  font-size: 8pt;  font-family: 'arial';  color: #0000ff;  text-decoration: underline; } /* ========== Para Styles ========== */ p,ul,ol /* Paragraph Style */ {  text-align: left;  text-indent: 0px;  padding: 0px 0px 0px 0px;  margin: 0px 0px 0px 0px; } .rvps1 /* Centered */ {  text-align: center; } --></style> <table><tbody><tr><td><p>  </p><p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi, Justin.</p> <p><br></p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>You wrote:</p> <p><br></p> <p><span class="rvts6"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Ricardo O. S. Soares wrote:</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; Hello dear users,</span></p> <p><br></p> <p><span class="rvts7"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt;&gt; in order to introduce Gromacs to a few students, I'm taking five&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; computers with the same operational system (ubuntu), to run the same&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; simulation independently. I prepared a box o water and ran all standard&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; steps until the grompp. This is when I copied and pasted the folder to&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; the other four computers. So I ran the same grompp command in each unit,&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; and then the mdrun step. At the end we obtained 5 slightly different&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; results for total energy, pressure, volume etc. Since MD is a&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; deterministic process, one may expect to find the same results for the&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; same simulations. So does anyone have a clue at which step is it&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; possible that those little differences are being brought into the&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; systems? I'm guessing the grompp step...</span></p> <p><br></p> <p><span class="rvts6"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; This page may have some useful information for you:</span></p> <p><br></p> <p><a class="rvts8" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Reproducibility"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Reproducibility</a></p> <p><br></p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>It says that</p> <p><br></p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>"As of GROMACS 4, mdrun -reprod will eliminate all sources of</p> <p>non-reproducibility that it can, i.e. same executable + same shared</p> <p>libraries + same run input file + same command line parameters will lead to reproducible results."</p> <p><br></p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In addition:</p> <p>The last condition should be applied not only to gmx parameters themselves. For instance, paralleling the same run between different numbers of my Intel Quad cores gives me slightly different energies too. For small systems about hundreds of atoms this is the case even with -reprod and under relatively long, 10 ns, simulations. <br></p><p><br></p><p>This is normal, and its behaviour covered in the second dot point on that page.</p><p><br></p><p>Mark<br></p></td></tr></tbody></table></p></span>