Hi everyone,<br><br>I have a homology model of a transporter. I want to study the ligand transport through the channel. i have done the following steps. <br><br>1. Ligand has docked to the mouth of the channel<br>2.  Inserted the complex in POPC bilayer, then solvated, and equilibrated for 4ns(with position restarint on Protein &amp; ligand)<br>
3. Then I saw tht there are very few wtaer inside the pore, Since this channel is an aqueous pore, I have added water to the channel using genbox.<br>4. Then the complete system equilibrated for pico seconds.<br>5,in order to select different snap shots for SMD (want to do a multiple SMDs with different starting structures.) I have run 1ns Production run and selected different frames.<br>
<br>Suddenly I found that still there is no enough water in the pore, the water is moving away from the channel during step 4 &amp;5?<br><br>How can I solve this problem? Also how will I know how many water molecules will be sufficient for the channel?<br>
<br>Thanks for your support.<br clear="all"><br>-- <br>Aswathy<br>