<br><br>----- Original Message -----<br>From: oguz gurbulak &lt;gurbulakoguz@yahoo.com&gt;<br>Date: Friday, June 18, 2010 21:36<br>Subject: [gmx-users] a query about analysis<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 12"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 12"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5COGUZ%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><link rel="themeData" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5COGUZ%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_themedata.thmx"><link rel="colorSchemeMapping" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5COGUZ%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_colorschememapping.xml"><!--[if gte mso 9]><xml>  <w:WordDocument>   <w:View>Normal</w:View>   <w:Zoom>0</w:Zoom>   <w:TrackMoves/>   <w:TrackFormatting/>   <w:HyphenationZone>21</w:HyphenationZone>   <w:PunctuationKerning/>   <w:ValidateAgainstSchemas/>   <w:SaveIfXMLInvalid>false</w:SaveIfXMLInvalid>   <w:IgnoreMixedContent>false</w:IgnoreMixedContent>   <w:AlwaysShowPlaceholderText>false</w:AlwaysShowPlaceholderText>   <w:DoNotPromoteQF/>   <w:LidThemeOther>TR</w:LidThemeOther>   <w:LidThemeAsian>X-NONE</w:LidThemeAsian>   <w:LidThemeComplexScript>X-NONE</w:LidThemeComplexScript>   <w:Compatibility>    <w:BreakWrappedTables/>    <w:SnapToGridInCell/>    <w:WrapTextWithPunct/>    <w:UseAsianBreakRules/>    <w:DontGrowAutofit/>    <w:SplitPgBreakAndParaMark/>    <w:DontVertAlignCellWithSp/>    <w:DontBreakConstrainedForcedTables/>    <w:DontVertAlignInTxbx/>    <w:Word11KerningPairs/>    <w:CachedColBalance/>   </w:Compatibility>   <w:BrowserLevel>MicrosoftInternetExplorer4</w:BrowserLevel>   <m:mathPr>    <m:mathFont m:val="Cambria Math"/>    <m:brkBin m:val="before"/>    <m:brkBinSub m:val="&#45;-"/>    <m:smallFrac m:val="off"/>    <m:dispDef/>    <m:lMargin m:val="0"/>    <m:rMargin m:val="0"/>    <m:defJc m:val="centerGroup"/>    <m:wrapIndent m:val="1440"/>    <m:intLim m:val="subSup"/>    <m:naryLim m:val="undOvr"/>   </m:mathPr></w:WordDocument> </xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>  <w:LatentStyles DefLockedState="false" DefUnhideWhenUsed="true"   DefSemiHidden="true" DefQFormat="false" DefPriority="99"   LatentStyleCount="267">   <w:LsdException Locked="false" Priority="0" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Normal"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="heading 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 7"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 8"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 9"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 7"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 8"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 9"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="35" QFormat="true" Name="caption"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="10" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Title"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="1" Name="Default Paragraph Font"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="11" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Subtitle"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="22" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Strong"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="20" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Emphasis"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="59" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Table Grid"/>   <w:LsdException Locked="false" UnhideWhenUsed="false" Name="Placeholder Text"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="1" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="No Spacing"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" UnhideWhenUsed="false" Name="Revision"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="34" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="List Paragraph"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="29" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Quote"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="30" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Intense Quote"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="19" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Subtle Emphasis"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="21" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Intense Emphasis"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="31" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Subtle Reference"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="32" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Intense Reference"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="33" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Book Title"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="37" Name="Bibliography"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" QFormat="true" Name="TOC Heading"/>  </w:LatentStyles> </xml><![endif]--><style> <!--  /* Font Definitions */  @font-face         {font-family:"Cambria Math";         panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;         mso-font-charset:162;         mso-generic-font-family:roman;         mso-font-pitch:variable;         mso-font-signature:-1610611985 1107304683 0 0 159 0;} @font-face         {font-family:Calibri;         panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;         mso-font-charset:162;         mso-generic-font-family:swiss;         mso-font-pitch:variable;         mso-font-signature:-1610611985 1073750139 0 0 159 0;}  /* Style Definitions */  p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal         {mso-style-unhide:no;         mso-style-qformat:yes;         mso-style-parent:"";         margin-top:0cm;         margin-right:0cm;         margin-bottom:10.0pt;         margin-left:0cm;         line-height:115%;         mso-pagination:widow-orphan;         font-size:11.0pt;         font-family:"Calibri","sans-serif";         mso-ascii-font-family:Calibri;         mso-ascii-theme-font:minor-latin;         mso-fareast-font-family:Calibri;         mso-fareast-theme-font:minor-latin;         mso-hansi-font-family:Calibri;         mso-hansi-theme-font:minor-latin;         mso-bidi-font-family:"Times New Roman";         mso-bidi-theme-font:minor-bidi;         mso-fareast-language:EN-US;} .MsoChpDefault         {mso-style-type:export-only;         mso-default-props:yes;         mso-ascii-font-family:Calibri;         mso-ascii-theme-font:minor-latin;         mso-fareast-font-family:Calibri;         mso-fareast-theme-font:minor-latin;         mso-hansi-font-family:Calibri;         mso-hansi-theme-font:minor-latin;         mso-bidi-font-family:"Times New Roman";         mso-bidi-theme-font:minor-bidi;         mso-fareast-language:EN-US;} .MsoPapDefault         {mso-style-type:export-only;         margin-bottom:10.0pt;         line-height:115%;} @page WordSection1         {size:612.0pt 792.0pt;         margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;         mso-header-margin:35.4pt;         mso-footer-margin:35.4pt;         mso-paper-source:0;} div.WordSection1         {page:WordSection1;} --> </style><!--[if gte mso 10]> <style>  /* Style Definitions */  table.MsoNormalTable         {mso-style-name:"Normal Tablo";         mso-tstyle-rowband-size:0;         mso-tstyle-colband-size:0;         mso-style-noshow:yes;         mso-style-priority:99;         mso-style-qformat:yes;         mso-style-parent:"";         mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;         mso-para-margin-top:0cm;         mso-para-margin-right:0cm;         mso-para-margin-bottom:10.0pt;         mso-para-margin-left:0cm;         line-height:115%;         mso-pagination:widow-orphan;         font-size:11.0pt;         font-family:"Calibri","sans-serif";         mso-ascii-font-family:Calibri;         mso-ascii-theme-font:minor-latin;         mso-fareast-font-family:"Times New Roman";         mso-fareast-theme-font:minor-fareast;         mso-hansi-font-family:Calibri;         mso-hansi-theme-font:minor-latin;} </style> <![endif]-->  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;; color: black;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear All,</span><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"> <o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;; color: black;">&nbsp;</span><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"> <o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; text-align: justify; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;; color: black;">I study on molecular dynamics simulations of organic molecules. I want to learn that </span><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">Is there an excel-like program that accepts more data set ( for instance output info for 5000 records )<span style="color: black;"> in order to make analysis ? </span></span><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;" lang="FI">Could you please give me some suggestions about this issue ?</span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; text-align: justify; line-height: normal;"><br><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;" lang="FI"></span><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;" lang="FI"> </span><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;; color: black;"><o:p></o:p></span></p></td></tr></tbody></table>Excel is best at a small number of fixed data sets, or where you have the resources to build some kind of automated import mechanism and the capacity to program custom analysis functions as required. However running some magic macro to import and analyze your data simply doesn't scale to 5000 data sets. Were you to go to all that trouble, you may as well use a tool more suited to the task. Serious numerical work is more often done in R, S, SPSS, Matlab or such, simply because Excel is a generic tool and will not be able to support all specialized needs. Excel's default plot formats are particularly unsuited to scientific needs.<br><br>GROMACS provides a large number of command-line tools, which can do most tasks most users want to do. Learning to write simple shell scripts to loop over whatever is creating your 5000 records is a very worthwhile investment for future running and analysis of calculations. gnuplot or xmgrace are desirable plotting tools in this context, though you should check the GROMACS wiki for more suggestions.<br><br>Mark