<div dir="ltr"><div>Hi all,</div>
<div> </div>
<div>I&#39;m trying to run a parallel Job for a system of dummy atoms that arranged as 2 surface (each is 6X6 atom surface- with bonds that i defined between them)</div>
<div>the system is solvated in a box of dimensions 4.5nm X 6.5nm X 4.5nm with salt, minimized and equlibrated fine.</div>
<div> </div>
<div>however, when trying to execute parallel Job i get the following domain decomposition error: </div>
<div><strong>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 4.0.7<br>Source code file: domdec.c, line: 5888</strong></div>
<div><strong>Fatal error:<br>There is no domain decomposition for 2 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 3.37646 nm<br>Change the number of nodes or mdrun option -rdd or -dds<br>Look in the log file for details on the domain decomposition<br>
-------------------------------------------------------</strong></div>
<div><strong></strong> </div>
<div><strong></strong> </div>
<div>i read the relevant paragraphs on the manual regarding domain decomposition , but remained confused.</div>
<div>my question is How do you think i should solve it, and what are the thumb rules for the use of the -rdd and -dds flags? (i think that i did not quit understood from the manual how are the 2 flags relate to the parameters of my system)</div>

<div> </div>
<div>Thanks,</div>
<div>Amir</div>
<div><br> </div></div>