<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br><br>I obtained parameters for a Morse potential between Oxygen molecule and Iron in heme (from ab initio calculations).&nbsp; How can I use this potential with the GROMOS96 parameters?<br><br>I thought of a couple of options:<br><br>1) Define a new residue -- OXYHEM using the same parameters for HEME as in ffG43a1.rtp but just adding oxygen--heme interaction.<br>(The problem with this is that the bonded interaction in the HEME uses the G96BOND, so, how would I maintain this G96BOND for all the atoms except the oxygen-Fe interaction for which I need to use the Morse potential).<br>** What are the steps needed to do this? ***<br><br>2. Is it possible to simply create an appropriate *.itp file to use in conjunction with the HEME already defined in the GROMOS96 files (*.atp, *.itp, *.rtp in /usr/local/gromacs/share/gromacs/top)?<br><br>Any help will be
 appreciated.<br><br>Thanks.<br><br>o.<br></td></tr></table><br>