Use grompp normally, without the -np flag. Then run mdrun_mpi with your normal parameters as mpirun -np x mdrun_mpi -deffnm xx<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 21, 2010 at 2:00 PM, Amin Arabbagheri <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:amin_arab@yahoo.com">amin_arab@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit">Hi all,<br><br>I&#39;ve installed GROMACS 4.0.7 and MPI libraries using ubuntu synaptic package manager.<br>
I want to run a simulation in parallel on a multi processor, single PC, but to compile via grompp, it doesn&#39;t accept -np flag, and also , using -np in mdrun, it still runs as a single job.<br>Thanks a lot for any instruction.<br>
<br>Bests,<br>Amin<br><br></td></tr></tbody></table><br>



      <br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>