<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><div>hi gmx-users</div><div><br></div><div>In order to discover the miscalculation that gromacs computes in a system of 450 molecules in vacuum and after a gmx-user guidance i ran a simulation of one molecule in vacuum just to calculate by hand all the energies. the mdp file that i use is&nbsp;</div><div><br></div><div>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS</div><div>title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Yo</div><div>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= /usr/bin/cpp</div><div>include &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;</div><div>define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;</div><div><br></div><div>; RUN CONTROL PARAMETERS</div><div>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = md</div><div>; Start time
 and timestep in ps</div><div>tinit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.001</div><div>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 500000</div><div>; For exact run continuation or redoing part of a run</div><div>init_step &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>; mode for center of mass motion removal</div><div>comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Linear</div><div>; number of steps for center of mass motion removal</div><div>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>; group(s) for center of mass motion removal</div><div>comm-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;</div><div><br></div><div>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS</div><div>; Force tolerance and initial
 step-size</div><div>emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10</div><div>emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.01</div><div>; Max number of iterations in relax_shells</div><div>niter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 20</div><div>; Step size (1/ps^2) for minimization of flexible constraints</div><div>fcstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>; Frequency of steepest descents steps when doing CG</div><div>nstcgsteep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000</div><div>nbfgscorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10</div><div><br></div><div>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS</div><div>; nblist update frequency</div><div>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 5</div><div>; ns algorithm (simple or grid)</div><div>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= grid</div><div>; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)</div><div>; or full (infinite systems only)</div><div>pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= xyz</div><div>; nblist cut-off &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.5</div><div>domain-decomposition &nbsp; &nbsp; = no</div><div><br></div><div>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW</div><div>; Method for doing electrostatics</div><div>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= PME</div><div>rcoulomb-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.5</div><div>; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field</div><div>epsilon-r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>; Method for doing Van
 der Waals</div><div>vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off</div><div>; cut-off lengths &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>rvdw-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.5</div><div>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure</div><div>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = EnerPres</div><div>; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off</div><div>table-extension &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid</div><div>fourierspacing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.12</div><div>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used</div><div>fourier_nx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>fourier_ny &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>fourier_nz
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0</div><div>; EWALD/PME/PPPM parameters</div><div>pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4</div><div>ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1e-05</div><div>ewald_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 3d</div><div>epsilon_surface &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no</div><div><br></div><div>; IMPLICIT SOLVENT (for use with Generalized Born electrostatics)</div><div>implicit_solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = No</div><div><br></div><div>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS</div><div>; Temperature coupling &nbsp;</div><div>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = nose-hoover</div><div>; Groups to couple separately</div><div>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= System</div><div>; Time constant (ps) and
 reference temperature (K)</div><div>tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1</div><div>ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 298</div><div>; Pressure coupling &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Berendsen</div><div>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = isotropic</div><div>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)</div><div>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4.5e-5</div><div>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0</div><div>; Random seed for Andersen thermostat</div><div>andersen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 815131</div><div><br></div><div>; SIMULATED ANNEALING &nbsp;</div><div>; Type of annealing
 for each temperature group (no/single/periodic)</div><div>annealing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no</div><div>; Number of time points to use for specifying annealing in each group</div><div>annealing_npoints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;</div><div>; List of times at the annealing points for each group</div><div>annealing_time &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;</div><div>; Temp. at each annealing point, for each group.</div><div>annealing_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;</div><div><br></div><div>; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN</div><div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= yes</div><div>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300</div><div>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1993</div><div><br></div><div>; OPTIONS FOR BONDS &nbsp; &nbsp;</div><div>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp;= all-bonds</div><div>; Type of constraint algorithm</div><div>constraint-algorithm &nbsp; &nbsp; = Lincs</div><div>; Do not constrain the start configuration</div><div>unconstrained-start &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no</div><div>; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations</div><div>Shake-SOR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no</div><div>; Relative tolerance of shake</div><div>shake-tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1e-04</div><div>; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix</div><div>lincs-order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4&nbsp;</div><div>; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for</div><div>; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.</div><div>; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.</div><div>lincs-iter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =
 1</div><div>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond</div><div>; rotates over more degrees than</div><div>lincs-warnangle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 30</div><div>; Convert harmonic bonds to morse potentials</div><div>morse &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no</div><div><br></div><div>; ENERGY GROUP EXCLUSIONS</div><div>; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded</div><div>energygrp_excl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>the top file is</div><div><br></div><div>[ defaults ]</div><div>; nbfunc<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>comb-rule<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>gen-pairs<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>fudgeLJ<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>fudgeQQ</div><div>&nbsp;&nbsp;1<span
 class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>no &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.5</div><div><br></div><div><br></div><div>[ atomtypes ]</div><div>; &nbsp; type &nbsp; &nbsp; &nbsp;mass &nbsp; &nbsp;charge &nbsp; &nbsp;ptype &nbsp; &nbsp; &nbsp; c6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c12</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;CH3 &nbsp; &nbsp; 15.035 &nbsp; &nbsp; 0.000 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9.0638e-3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.5206e-5</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;CH2 &nbsp; &nbsp; 14.027 &nbsp; &nbsp; 0.000 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5.8108e-3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.2071e-5</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;OS &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.999 &nbsp; &nbsp; 0.000 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8.8147e-4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;4.2477e-7&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;OA &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.999 &nbsp; &nbsp; 0.000 &nbsp; &nbsp;A
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.3465e-3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.7802e-6</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;HO &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.008 &nbsp; &nbsp; 0.000 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0000e00 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0000e00&nbsp;</div><div><br></div><div><br></div><div>[ moleculetype ]</div><div>; Name nrexcl</div><div>DRG &nbsp; &nbsp; &nbsp;3</div><div><br></div><div>[ atoms ]</div><div>; &nbsp; nr &nbsp; &nbsp; &nbsp;type &nbsp;resnr resid &nbsp;atom &nbsp;cgnr &nbsp; charge &nbsp; &nbsp; mass</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH3 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;15.035</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAC &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;14.027</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAE &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;14.027</div><div>&nbsp;&nbsp;
 &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAF &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;14.027</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAG &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;14.027</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAI &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp;0.250 &nbsp;14.027</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OS &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; OAM &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; -0.500 &nbsp;15.999</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAK &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp;0.250 &nbsp;14.027</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAJ &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.250 &nbsp;14.027&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OS &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG
 &nbsp; &nbsp; OAL &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; -0.500 &nbsp;15.999 &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAH &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.250 &nbsp;14.027 &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; CAD &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp;0.265 &nbsp;14.027</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; OAB &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; -0.700 &nbsp;15.999 &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HO &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DRG &nbsp; &nbsp; HAA &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp;0.435 &nbsp; 1.008</div><div><br></div><div>[ bonds ]</div><div>; &nbsp;ai &nbsp;aj funct &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c1</div><div>1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>1<span class="Apple-tab-span"
 style="white-space:pre">        </span> &nbsp; 0.15400 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 517488.48</div><div>2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span> &nbsp; 0.15400 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 517488.48</div><div>3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.15400 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 517488.48</div><div>4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.15400 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 517488.48</div><div>5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.15400 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 517488.48</div><div>6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.14100 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 618809.04</div><div>7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.14100 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 618809.04</div><div>8 &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.15400 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 517488.48</div><div>9 &nbsp; &nbsp; &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.14100 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 618809.04</div><div>10 &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.14100 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 618809.04</div><div>11 &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.15400 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 517488.48</div><div>12 &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.14300 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 618809.04</div><div>13 &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09450 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 618809.04</div><div><br></div><div>[ angles ]</div><div>; &nbsp;ai &nbsp; &nbsp;aj &nbsp; &nbsp;ak &nbsp; &nbsp; &nbsp; funct &nbsp; c0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;c1</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 114.00 &nbsp;519.65</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 114.00 &nbsp;519.65</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 114.00 &nbsp;519.65</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 114.00 &nbsp;519.65</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 112.00 &nbsp;418.22</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 112.00 &nbsp;502.19</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 112.00 &nbsp;418.22</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 112.00 &nbsp;418.22</div><div>&nbsp;&nbsp;
 &nbsp;9 &nbsp; &nbsp;10 &nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 112.00 &nbsp;502.19</div><div>&nbsp;&nbsp; 10 &nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 112.00 &nbsp;418.22</div><div>&nbsp;&nbsp; 11 &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 109.47 &nbsp;419.05</div><div>&nbsp;&nbsp; 12 &nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp;14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 108.50 &nbsp;460.62</div><div><br></div><div>[ pairs ]</div><div>; ai aj funct&nbsp;</div><div>&nbsp;1 &nbsp; 4 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>&nbsp;2 &nbsp; 5 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>&nbsp;3 &nbsp; 6 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>&nbsp;4 &nbsp; 7 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>&nbsp;5 &nbsp; 8 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>&nbsp;6 &nbsp; 9 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>&nbsp;7 &nbsp;10 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>&nbsp;8 &nbsp;11 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>&nbsp;9 &nbsp;12 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>10 &nbsp;13 &nbsp; 1 0 0 0
 0</div><div>11 &nbsp;14 &nbsp; 1 0 0 0 0</div><div>;</div><div>10 14 &nbsp; &nbsp;2 0 0 0 0 3.325789e-7</div><div><br></div><div><br></div><div>[ dihedrals ]</div><div>; ai aj ak al funct c0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c5</div><div>&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;2 &nbsp;3 &nbsp;4 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;8.231078 16.952626 1.133928 -26.317632 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;3 &nbsp;4 &nbsp;5 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;8.231078 16.952626 1.133928 -26.317632 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp; 3 &nbsp;4 &nbsp;5 &nbsp;6 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;8.231078 16.952626 1.133928 -26.317632 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp; 4 &nbsp;5 &nbsp;6 &nbsp;7 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;6.983076 17.736182 0.886988 -25.606246 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp; 5 &nbsp;6 &nbsp;7
 &nbsp;8 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;7.949051 &nbsp;7.892513 2.722990 -18.564553 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp; 6 &nbsp;7 &nbsp;8 &nbsp;9 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;7.949051 &nbsp;7.892513 2.722990 -18.564553 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp; 7 &nbsp;8 &nbsp;9 10 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;8.368267 25.104800 4.184175 -33.473067 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp; 8 &nbsp;9 10 11 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;7.949051 &nbsp;7.892513 2.722990 -18.564553 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp; 9 10 11 12 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;7.949051 &nbsp;7.892513 2.722990 -18.564553 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp;10 11 12 13 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;8.368267 25.104800 4.184175 -33.473067 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div>&nbsp;&nbsp;11 12 13 14 &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;2.822015 &nbsp;2.943074 0.485066 &nbsp;-6.250155 0.000000e+00 0.000000e+00</div><div><br></div><div>[ system ]</div><div>ciej&nbsp;</div><div><br></div><div>[ molecules
 ]</div><div>DRG<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span> 1</div><div><br></div><div>and the gro file is</div><div><br></div><div>PRODRG COORDS</div><div>&nbsp;&nbsp; 14</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAA &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; 0.313 &nbsp; 0.879 &nbsp; 0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAC &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 0.381 &nbsp; 0.742 &nbsp; 0.002</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAE &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; 0.534 &nbsp; 0.757 &nbsp; 0.000</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAF &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 0.601 &nbsp; 0.620 &nbsp; 0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAG &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; 0.754 &nbsp; 0.634 &nbsp;-0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAI &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; 0.821 &nbsp; 0.497 &nbsp; 0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;OAM &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; 0.964 &nbsp; 0.513 &nbsp;-0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAK
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; 1.026 &nbsp; 0.383 &nbsp; 0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAJ &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; 1.177 &nbsp; 0.399 &nbsp;-0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;OAL &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; 1.238 &nbsp; 0.268 &nbsp; 0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAH &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; 1.382 &nbsp; 0.282 &nbsp; 0.000</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;CAD &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; 1.446 &nbsp; 0.143 &nbsp; 0.002</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;OAB &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; 1.588 &nbsp; 0.156 &nbsp; 0.001</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1DRG &nbsp;HAA &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; 1.630 &nbsp; 0.066 &nbsp; 0.002</div><div>&nbsp;&nbsp; 4.00000 &nbsp; 4.00000 &nbsp; 4.00000</div><div><br></div><div>as you can see at top file there is a line in pairs which syntaxis is</div><div><br></div><div>10 14 &nbsp; &nbsp;2 0 0 0 0 3.325789e-7</div><div><br></div><div>it is an extra interaction that must be applied to the
 molecule according to the formula 3.325789e-7/r^12 the only way i could think importing &nbsp;this interaction as i have mentioned several times was the above.&nbsp;</div><div><br></div><div>i did three simulations</div><div><br></div><div>1) leaving the top file as it is above</div><div>2) deleting the &nbsp;[pairs] and all the lines below</div><div>3) deleting only the last line of the [pairs]</div><div><br></div><div>the results with usage of the command gmxdump -s topol.tpr | less</div><div>for step 0 are below</div></td></tr></table><br>