Dear Justin,<br><br><span style="color: rgb(0, 0, 0);">Actually, I used -d option because you said the atoms in the box must be half a bond length from the edges of box...I thought maybe this can be done by -d...</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);">
<br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">With PRODRG I am unable to produce coordinate file a chain with less than three C atoms. </span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">I sketched the molecules:</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);">
<font style="color: rgb(0, 0, 0);" size="2"><span style="font-family: times new roman,serif;">C-C ethane</span><br style="font-family: times new roman,serif;"><span style="font-family: times new roman,serif;">C=C Ethylene</span><br style="font-family: times new roman,serif;">
<span style="font-family: times new roman,serif;">but I am getting a message:</span><br style="font-family: times new roman,serif;"></font><pre><font><font color="yellow" size="5"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ERRDRG&gt; PRODRG does not deal with mono/di-atomic molecules.</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="color: rgb(0, 0, 0);">PRODRG&gt; Program terminated unsuccessfully, sorry!</span><br></font></font></pre><br>1- Could you please help me with this. (actually I need structure file of ethylene in the future)<br>
<br>2- How can I generate structure file of repeating unit -CH2-CH2- with PRODRG. I tried the followings...and all I am getting is the above message.. :(<br><br> H H<br> | |<br> C-C                                                              <br>
 | |<br> H H<br><br> H H<br> | |<br>-C-C-<br> | |<br> H H<br><br>-C-C-<br><br>Moeed<br>