<br><br>----- Original Message -----<br>From: lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt;<br>Date: Wednesday, June 23, 2010 15:49<br>Subject: [gmx-users] Re: chain ids (2)<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; <br>&gt; Dear All, <br>&gt; <br>&gt; I am re-posting with some replies to my first message.<br>&gt; <br>&gt; &gt; the cell demensions for .gro files are at the bottomn, <br>&gt; <br>&gt; you know, you right.&nbsp; There at the top for .pdb file, and <br>&gt; it is just a unit cell, and not very trivial to center <br>&gt; graphically. <br><br>Sure, that's one thing editconf is good for.<br><br>&gt; And when you answere somones question like below, you should <br>&gt; read what they stated first.<br>&gt; <br>&gt; &gt;&gt; I then run an energy minimization in vacuo and it works fine, <br>&gt; &gt;&gt;converging in<br>&gt; &gt;&gt; 800-850 steps at 0.002 ps each<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; <br>&gt; &gt;Just FYI, EM is run in steps, not time units.<br>&gt; <br>&gt; I used the term step even?&nbsp; Correcting every little thing <br>&gt; to the point of overdoing it makes people not want to talk to <br>&gt; you, especially when it does not solve or answere the <br>&gt; problem.&nbsp; I'm not your dad, you don't have to prove <br>&gt; something to me, I know how well you know the software.<br><br>When someone asks for help, and appears to demonstrate that they've missed an important point (i.e. that time does not elapse during EM), then a helpful tip might save them lot of pain at some stage. The person giving the tip isn't trying to put anyone down - they're giving their time for free in order to be helpful. Criticising the person giving the tip is a great way to dissuade others from helping you, too. :-)<br>&nbsp;<br>&gt; In any case, It is obvious my problem is the system blowing up, <br>&gt; visually it is only the terminal residues from each chain, and <br>&gt; from runs such as lincs warnings, it is the same atoms in these <br>&gt; terminal residues, which are the problem.<br>&gt; <br>&gt; Basically, gromacs, as I said, can not keep the chain ids, even <br>&gt; when I use an index file, and beforehand, yes I checked all the <br>&gt; .itp, .ndx etc to make sure atoms are all properly coordinated.<br><br>The chain IDs are irrelevant to GROMACS once pdb2gmx finishes. The information encoded by differences in chain ID have been incorporated into the [molecules] section.<br>&nbsp;<br>&gt; The extra atoms, I can acount for a couple, such as the extra <br>&gt; hydrogen at terminal end, and yes even the interactive use of <br>&gt; pdb2gmx as a starting point for the topology still gives <br>&gt; problems. <br>&gt; <br>&gt; Timing wise, it seems to break down when I add waters, when I <br>&gt; run this alone, it starts to explode.&nbsp; I have tried step by <br>&gt; step making of .top files as well, and re-adding chain IDs after <br>&gt; a crash, etc...or just following a step by step proceedure from <br>&gt; scrath again several times.&nbsp; As I had stated, if the system <br>&gt; only has the 5 proteins, and no solvent, it has no problem, but <br>&gt; then this is usually the first run after switching from a pdb to <br>&gt; .gro file, whith the .pdb generating the .top with it's <br>&gt; origional chain IDs.<br>&gt; <br>&gt; SAnd like I said, any helpful suggestions are appriciated.<br><br>Justin gave you several - such as providing us with actual pdb2gmx command lines. I agree with his guess that you've managed to produce a topology where what you intend to be your end-of-chain terminal residues are in fact bound in an inter-chain fashion. We can't do more than guess in the absence of actual evidence, however.<br><br>I do suggest starting afresh in a clean working directory with a version of the problem that is as simple as possible&nbsp; :-)<br><br>Mark<br><br>&gt; lloyd riggs wrote:<br>&gt; &gt; Hello again,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I am still working on gromacs sims on the side of wet lab <br>&gt; work.&nbsp; In any case,<br>&gt; &gt; I am still at the same point as almost several weeks back.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I can take my pdb file with 5 chain IDs A-C and generate a <br>&gt; .top and .gro<br>&gt; &gt; file, with appropriate box (which can just be pasted at the <br>&gt; top of the file I<br>&gt; &gt; believe) along with the .itps for each chain.<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; The box vectors are placed at the *bottom* of a .gro file.&nbsp; <br>&gt; Do be careful about<br>&gt; manually setting a box.&nbsp; If your coordinates are not <br>&gt; positioned appropriately<br>&gt; and have not been given sufficient solute-box space, then you <br>&gt; might see weird<br>&gt; behavior.&nbsp; Instead of manually hacking the box, use <br>&gt; editconf - that's its purpose.<br>&gt; <br>&gt; &gt; I then run an energy minimization in vacuo and it works fine, <br>&gt; converging in<br>&gt; &gt; 800-850 steps at 0.002 ps each<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; Just FYI, EM is run in steps, not time units.<br>&gt; <br>&gt; &gt; I then add waters, and ions (K+, Ca2+, Mg2+, Na+ and Cl-)and <br>&gt; generate the<br>&gt; &gt; larger 37 MB pdb file.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; From this, I make_ndx , and additionally specify the residues <br>&gt; for each<br>&gt; &gt;&gt; chain, plus the ions, with Ca2+ in a seperate file (Protein_A-G).<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Now when I do a simple EM with steep, it say converged in 10-<br>&gt; 20 cycles, with<br>&gt; &gt; a rather large force and Potential Energy&nbsp; =&nbsp; <br>&gt; 1.9811578e+20.&nbsp; When I take<br>&gt; &gt; just the protein part of the output, I find the terminal <br>&gt; residues from each<br>&gt; &gt; chain try to form a bond (at 10-30 Angstroms away) with the <br>&gt; next chein, and<br>&gt; &gt; from there the system explodes.<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; There is no bond formation, that's just a visualization artifact <br>&gt; from an<br>&gt; exploding system.&nbsp; Is your box size sufficiently large to <br>&gt; avoid spurious PBC<br>&gt; interactions?&nbsp; Where does the system start to <br>&gt; explode?&nbsp; Any LINCS warnings?<br>&gt; These will point you to the part of the structure where the <br>&gt; geometry starts to fail.<br>&gt; <br>&gt; http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up<br>&gt; <br>&gt; How did you produce the topology?&nbsp; Did you use pdb2gmx -<br>&gt; merge?&nbsp; Did you specify<br>&gt; the appropriate termini?&nbsp; It sounds to me like mdrun thinks <br>&gt; your molecules<br>&gt; should be continuous peptide chains rather than separate proteins.<br>&gt; <br>&gt; &gt; So, How do I force a restraint, or something in gromacs which <br>&gt; will keep the<br>&gt; &gt; varied chains seperate, and from trying to converge or fix a <br>&gt; gap which does<br>&gt; &gt; not exist in a chain.<br>&gt; <br>&gt; That depends on your answer to my question about pdb2gmx.<br>&gt; Topologically-distinct structures should not do this, and there <br>&gt; is no way to<br>&gt; enforce a restraint to work around a severely broken system.<br>&gt; <br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I use an index file I checked all .itp files and no bonds are <br>&gt; specified&gt; between the terminal ends I even tried staying with a <br>&gt; .pdb file the whole<br>&gt; &gt; time instead of .gro, but the pdb2gmx always adds an extra <br>&gt; 4000 atoms(out of<br>&gt; &gt; 553257) which I can not account for, as my starting .pdb has <br>&gt; all hydrogens,<br>&gt; &gt; etc.<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; Then you'd better figure out what's going on - pdb2gmx doesn't <br>&gt; just add atoms<br>&gt; for fun.&nbsp; Seeing your exact commands for your entire <br>&gt; procedure and any weirdness<br>&gt; in the output is the only way to diagnose this.&nbsp; What <br>&gt; you've described sounds<br>&gt; like nonsense.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; Basically, I just want to run a MD between a three chain and <br>&gt; two chain<br>&gt; &gt; protein set to observe differences upon binding, and plot the <br>&gt; varied energy<br>&gt; &gt; changes, along with different pharmaceuticals, etc. to compare<br>&gt; &gt; differences,and a visualization of the movements involved, as <br>&gt; one of the two<br>&gt; &gt; proteins contains a number of flexible loops, etc...thus <br>&gt; visualizatio of<br>&gt; &gt; movement would be very helpful in illucidation of the action <br>&gt; of varied<br>&gt; &gt; compounds...ANd I already now read the manual 2 x it don't say <br>&gt; much about my<br>&gt; &gt; problem, and the two suggestions out of the 200 posts in the e-<br>&gt; mails say use<br>&gt; &gt; an index file, and check your .itp files for cositency.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Any help or suggestions are appriciated.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Sincerely,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Stephan Lloyd Watkins<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; Sicherer, schneller und einfacher. Die aktuellen Internet-<br>&gt; Browser -<br>&gt; jetzt kostenlos herunterladen! http://portal.gmx.net/de/go/chbrowser<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php