<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Carsten,<br><br>Thanks for your help, I used something like "mpirun -np 3 mdrun -s topol.tpr",<br>it works but its something like repeating a single job 3 times, simultaneously.<br>here is the output on the screen :<br>{<br>&nbsp;Back Off! I just backed up md_traj_dam_2nd.trr to ./#md_traj_dam_2nd.trr.1#<br><br>Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.1#<br><br>Back Off! I just backed up md_traj_dam_2nd.trr to ./#md_traj_dam_2nd.trr.2#<br><br>Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.2#<br><br>Back Off! I just backed up md_traj_dam_2nd.trr to ./#md_traj_dam_2nd.trr.3#<br><br>Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.3#<br>starting mdrun 'Protein in water'<br>1000000 steps,&nbsp;&nbsp; 1000.0 ps.<br>starting mdrun 'Protein in water'<br>1000000 steps,&nbsp;&nbsp; 1000.0 ps.<br>starting mdrun 'Protein in water'<br>1000000
 steps,&nbsp;&nbsp; 1000.0 ps.<br>step 736900, will finish Fri Jun 25 07:45:04 2010<br>}<br>the estimated time is as long as one single job!<br><br>--- On <b>Mon, 21/6/10, gmx-users-request@gromacs.org <i>&lt;gmx-users-request@gromacs.org&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: gmx-users-request@gromacs.org &lt;gmx-users-request@gromacs.org&gt;<br>Subject: gmx-users Digest, Vol 74, Issue 134<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Monday, 21 June, 2010, 9:03<br><br><div class="plainMail">Send gmx-users mailing list submissions to<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
 target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of gmx-users digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;1. (no subject) (Amin Arabbagheri)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;2. Re: (no subject) (Justin A. Lemkul)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;3. Re: (no subject) (Linus ?stberg)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;4. Re: (no subject) (Carsten Kutzner)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;5. Help with defining new residue (OXY--HEME) (Omololu
 Akin-Ojo)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;6. Re: Help with defining new residue (OXY--HEME) (Justin A. Lemkul)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Mon, 21 Jun 2010 05:00:04 -0700 (PDT)<br>From: Amin Arabbagheri &lt;<a ymailto="mailto:amin_arab@yahoo.com" href="/mc/compose?to=amin_arab@yahoo.com">amin_arab@yahoo.com</a>&gt;<br>Subject: [gmx-users] (no subject)<br>To: <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Message-ID: &lt;<a ymailto="mailto:180446.74209.qm@web50607.mail.re2.yahoo.com" href="/mc/compose?to=180446.74209.qm@web50607.mail.re2.yahoo.com">180446.74209.qm@web50607.mail.re2.yahoo.com</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br><br>Hi all,<br><br>I've installed GROMACS 4.0.7 and MPI libraries using ubuntu synaptic package manager.<br>I want to run a simulation in parallel on a multi processor, single
 PC, but to compile via grompp, it doesn't accept -np flag, and also , using -np in mdrun, it still runs as a single job.<br>Thanks a lot for any instruction.<br><br>Bests,<br>Amin<br><br><br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100621/fd800779/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100621/fd800779/attachment-0001.html</a><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Mon, 21 Jun 2010 08:05:15 -0400<br>From: "Justin A. Lemkul" &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] (no subject)<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;<a ymailto="mailto:4C1F557B.4090102@vt.edu" href="/mc/compose?to=4C1F557B.4090102@vt.edu">4C1F557B.4090102@vt.edu</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed<br><br><br><br>Amin Arabbagheri wrote:<br>&gt; Hi all,<br>&gt; <br>&gt; I've installed GROMACS 4.0.7 and MPI libraries using ubuntu synaptic <br>&gt; package manager.<br>&gt; I want to run a simulation in parallel on a multi processor, single PC, <br>&gt; but to compile via grompp, it doesn't accept -np flag, and also , using <br>&gt; -np in mdrun, it still runs as a single job.<br>&gt; Thanks a lot for any instruction.<br>&gt; <br><br>Regarding grompp:<br><br><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/FAQs</a><br><br>As for mdrun, please provide your actual command line.&nbsp; The mdrun -np flag is <br>nonfunctional,
 instead the number of nodes are taken from, i.e. mpirun -np from <br>which mdrun is launched.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Bests,<br>&gt; Amin<br>&gt; <br>&gt; <br><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 3<br>Date: Mon, 21 Jun 2010 14:07:54 +0200<br>From: Linus ?stberg &lt;<a ymailto="mailto:bioinf@talavis.eu" href="/mc/compose?to=bioinf@talavis.eu">bioinf@talavis.eu</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] (no subject)<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a ymailto="mailto:AANLkTilFHUNo5ZfXQISmSUvesTYfQ-iGioRZuJmCr1LG@mail.gmail.com" href="/mc/compose?to=AANLkTilFHUNo5ZfXQISmSUvesTYfQ-iGioRZuJmCr1LG@mail.gmail.com">AANLkTilFHUNo5ZfXQISmSUvesTYfQ-iGioRZuJmCr1LG@mail.gmail.com</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Use grompp normally, without the -np flag. Then run mdrun_mpi with your<br>normal parameters as mpirun -np x mdrun_mpi -deffnm xx<br><br>On Mon, Jun 21, 2010 at 2:00 PM, Amin Arabbagheri &lt;<a ymailto="mailto:amin_arab@yahoo.com" href="/mc/compose?to=amin_arab@yahoo.com">amin_arab@yahoo.com</a>&gt;wrote:<br><br>&gt; Hi all,<br>&gt;<br>&gt; I've installed GROMACS 4.0.7 and MPI libraries using ubuntu synaptic<br>&gt; package manager.<br>&gt; I want to run a simulation in parallel on a multi processor, single PC, but<br>&gt; to compile via grompp, it doesn't
 accept -np flag, and also , using -np in<br>&gt; mdrun, it still runs as a single job.<br>&gt; Thanks a lot for any instruction.<br>&gt;<br>&gt; Bests,<br>&gt; Amin<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100621/ccd8a2ba/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100621/ccd8a2ba/attachment-0001.html</a><br><br>------------------------------<br><br>Message: 4<br>Date: Mon, 21 Jun 2010 14:07:50 +0200<br>From: Carsten Kutzner &lt;<a ymailto="mailto:ckutzne@gwdg.de" href="/mc/compose?to=ckutzne@gwdg.de">ckutzne@gwdg.de</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] (no subject)<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;<a ymailto="mailto:313E9026-5663-4013-A601-B5973EC89D94@gwdg.de"
 href="/mc/compose?to=313E9026-5663-4013-A601-B5973EC89D94@gwdg.de">313E9026-5663-4013-A601-B5973EC89D94@gwdg.de</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br><br>Amin,<br><br>the -np flag is not necessary any more for grompp in Gromacs 4.0.<br>For mdrun, just use something like<br>mpirun -np 4 mdrun -s topol.tpr<br><br>Carsten<br><br><br>On Jun 21, 2010, at 2:00 PM, Amin Arabbagheri wrote:<br><br>&gt; Hi all,<br>&gt; <br>&gt; I've installed GROMACS 4.0.7 and MPI libraries using ubuntu synaptic package manager.<br>&gt; I want to run a simulation in parallel on a multi processor, single PC, but to compile via grompp, it doesn't accept -np flag, and also , using -np in mdrun, it still runs as a single job.<br>&gt; Thanks a lot for any instruction.<br>&gt; <br>&gt; Bests,<br>&gt; Amin<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>--<br>Dr. Carsten Kutzner<br>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<br>Theoretical and Computational Biophysics<br>Am Fassberg 11, 37077 Goettingen, Germany<br>Tel. +49-551-2012313, Fax:
 +49-551-2012302<br><a href="http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne" target="_blank">http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne</a><br><br><br><br><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100621/fc58c68a/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100621/fc58c68a/attachment-0001.html</a><br><br>------------------------------<br><br>Message: 5<br>Date: Mon, 21 Jun 2010 05:58:31 -0700 (PDT)<br>From: Omololu Akin-Ojo &lt;<a ymailto="mailto:prayerz4users@yahoo.com" href="/mc/compose?to=prayerz4users@yahoo.com">prayerz4users@yahoo.com</a>&gt;<br>Subject: [gmx-users] Help with defining new residue (OXY--HEME)<br>To: <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Message-ID: &lt;<a
 ymailto="mailto:633186.76002.qm@web58608.mail.re3.yahoo.com" href="/mc/compose?to=633186.76002.qm@web58608.mail.re3.yahoo.com">633186.76002.qm@web58608.mail.re3.yahoo.com</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Hi,<br><br>I obtained parameters for a Morse potential between Oxygen molecule and Iron in heme (from ab initio calculations).&nbsp; How can I use this potential with the GROMOS96 parameters?<br><br>I thought of a couple of options:<br><br>1) Define a new residue -- OXYHEM using the same parameters for HEME as in ffG43a1.rtp but just adding oxygen--heme interaction.<br>(The problem with this is that the bonded interaction in the HEME uses the G96BOND, so, how would I maintain this G96BOND for all the atoms except the oxygen-Fe interaction for which I need to use the Morse potential).<br>** What are the steps needed to do this? ***<br><br>2. Is it possible to simply create an appropriate *.itp file to use in conjunction
 with the HEME already defined in the GROMOS96 files (*.atp, *.itp, *.rtp in /usr/local/gromacs/share/gromacs/top)?<br><br>Any help will be appreciated.<br><br>Thanks.<br><br>o.<br><br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100621/b001dbd1/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100621/b001dbd1/attachment-0001.html</a><br><br>------------------------------<br><br>Message: 6<br>Date: Mon, 21 Jun 2010 09:02:06 -0400<br>From: "Justin A. Lemkul" &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] Help with defining new residue (OXY--HEME)<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;<a ymailto="mailto:4C1F62CE.2030503@vt.edu" href="/mc/compose?to=4C1F62CE.2030503@vt.edu">4C1F62CE.2030503@vt.edu</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br><br><br>Omololu Akin-Ojo wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I obtained parameters for a Morse potential between Oxygen molecule and <br>&gt; Iron in heme (from ab initio calculations).&nbsp; How can I use this <br>&gt; potential with the GROMOS96 parameters?<br>&gt; <br>&gt; I thought of a couple of options:<br>&gt; <br>&gt; 1) Define a new residue -- OXYHEM using the same parameters for HEME as <br>&gt; in ffG43a1.rtp but just adding oxygen--heme interaction.<br>&gt; (The problem with this is that the bonded interaction in the HEME uses <br>&gt; the G96BOND, so, how would I maintain this G96BOND for all the atoms <br>&gt; except the oxygen-Fe interaction for which I need
 to use the Morse <br>&gt; potential).<br>&gt; ** What are the steps needed to do this? ***<br>&gt; <br><br>You could create an .rtp entry for this species and process it with pdb2gmx.&nbsp; I <br>don't know how to put a Morse type bond in an .rtp file, but you can easily <br>modify the resulting topology to include the proper term.<br><br>&gt; 2. Is it possible to simply create an appropriate *.itp file to use in <br>&gt; conjunction with the HEME already defined in the GROMOS96 files (*.atp, <br>&gt; *.itp, *.rtp in /usr/local/gromacs/share/gromacs/top)?<br>&gt; <br><br>Sure, most things are possible :)&nbsp; See the manual, chapter 5.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Any help will be appreciated.<br>&gt; <br>&gt; Thanks.<br>&gt; <br>&gt; o.<br>&gt; <br>&gt; <br><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia
 Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br><br><br>------------------------------<br><br>-- <br>gmx-users mailing list<br><a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br><br>End of gmx-users Digest, Vol 74, Issue 134<br>******************************************<br></div></blockquote></td></tr></table><br>