Hello All,<br />
<br />
I am new in this field, and I want to do simulation study on one of the protein conatining a metal ion and study its ability to form co-oridnation bond with other ligand, which is not defined in GROMOS force field which I have tried. If this choice of force field is correct for such type of study ?<br />
<br />
I have read Gromacs Manual Chapter 5, also I am following this gromacs mailing list for quite some time to get a help on how to include a new metal ion or a new ligand in their simulation and they have been refered to refer to the  http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization,<br />
<br />
but in this its not mentioned that how to actually do parameterization<br />
<br />
neither in manual it has been told on how to generate it ( due apologies,,I know, I may be wrong )<br />
<br />
and it is more difficult for a person like me who doesnt have much knowledge in this field, so if someone can please help me guiding how to do parameterisation, I know this is not a trivial task, but still help in this regard may help many other fellow users besides me.<br />
Thanks in advance<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>