<br><br>----- Original Message -----<br>From: 张春雷 &lt;chunleizhang.pku@gmail.com&gt;<br>Date: Friday, June 25, 2010 16:46<br>Subject: Re: [gmx-users] P4_error for extending coarse grained MD simulations<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The last .gro file only provides coordinates of the system. No velocity is recorded. Actually, what I attempt to achieve is a binary identical trajectory. So I think the velocity from the last step is critical.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have tried another approach in which the checkpoint file is neglected.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>$mdrun_mpi_d -s md_720ns.tpr&nbsp; -e md_720ns.edr -o md_720ns.trr -g  md_720ns.log<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>It works. So the checkpoint file appears to contain some error. But it is generated by a normally finished production simulation.<br><br>What does gmxcheck say about all the files involved?<br><br>Mark<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Have&nbsp; you encountered similar things?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thank you for your suggestions!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> &nbsp;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>在 2010年6月25日 上午9:16，weixin <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=xwxnju@gmail.com')">xwxnju@gmail.com</a>&gt;</span>写道：<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>How about using the last .gro file to continue your simulation?</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>2010/6/24 张春雷 <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=chunleizhang.pku@gmail.com')" target="1">chunleizhang.pku@gmail.com</a>&gt;</span><br> <blockquote class="gmail_quote" style="padding-left: 1ex; margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);"><div><div></div><div class="h5"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear GMX-users,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>This is Justin. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am performing coarse-grained simulation on a protein-lipid bilayer system. This is a MARTINI CG model.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  I have successfully completed a 360ns simulation, during which the time step is 30 fs.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I would like to extend the simulation to 1micro-second. The commands I used are:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>$tpbconv_mpi_d -s md_360ns.tpr -extend 360000 -o md_720ns.tpr<br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>$mdrun_mpi_d -s md_720ns.tpr&nbsp; -append -e md_360ns.edr -o md_360ns.trr -g md_360ns.log -cpi state.cpt<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>However, I received the following message:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Checkpoint file is from part 1, new output files will be suffixed part0002.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  Getting Loaded...<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Reading file md_720ns.tpr, VERSION 4.0.3 (double precision)<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Reading checkpoint file state.cpt generated: Mon Jun 14 09:48:10 2010<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Loaded with Money<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>starting mdrun 'Protein in POPE bilayer'<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  24000000 steps, 720000.0 ps (continuing from step 12000000, 360000.0 ps).<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>step 12000000, remaining runtime:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>p0_6991:&nbsp; p4_error: interrupt SIGSEGV: 11<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have searched the mail-list, but found no similar report. I also search through google, but no answer seems satisfactory.<br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I once performed extending simulation for all atom simulation, and the method mentioned above worked.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Is anyone familiar with MARTINI CG simulation?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Could you give me some suggestions?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Many thanks!<br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Justin<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>--<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')" target="1">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="1">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>www interface or send it to <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')" target="1">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="1">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>--<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="1">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> www interface or send it to <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="1">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php