<br><br>----- Original Message -----<br>From: Christian Mücksch &lt;muecksch@rhrk.uni-kl.de&gt;<br>Date: Friday, June 25, 2010 0:21<br>Subject: [gmx-users] Problems with installing mpi-version of Gromacs on        Cluster with Debian-Lenny<br>To: MAILINGLIST GROMACS &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Dear All,<br>&gt; <br>&gt; I've been trying to compile and get Gromacs (version 4.0.7) <br>&gt; working on a cluster that runs with Debian Lenny.<br>&gt; <br>&gt; I set the following variables:<br>&gt; export SOFT=$HOME/GROMACS<br>&gt; export PATH="$PATH":$SOFT/bin<br>&gt; export LDFLAGS="-L$SOFT/lib"<br>&gt; export CPPFLAGS="-I$SOFT/include"<br>&gt; export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$SOFT/lib<br>&gt; export MPICC=$SOFT/bin/mpicc<br>&gt; <br>&gt; and then did<br>&gt; <br>&gt; ./configure --prefix=$SOFT --disable-float --program-<br>&gt; suffix=_mpi_d --enable-mpi<br>&gt; <br>&gt; after I installed the Gromacs-version without mpi. Before <br>&gt; configuring Gromacs I compiled the latest version of OPEN-MPI <br>&gt; with gcc-4.3.<br>&gt; I did exactly the same on another cluster that runs with Debian <br>&gt; Etch and everything worked fine and was pretty straightforward.<br>&gt; <br>&gt; Here I get the following error during configuring:<br>&gt; <br>&gt; checking whether your compiler can handle assembly files <br>&gt; (*.s)... no<br>&gt; configure: error: Upgrade your compiler (or disable assembly loops)<br>&gt; <br>&gt; The exact error from the config.log looks like this:<br>&gt; <br>&gt; configure:32822: checking whether your compiler can handle <br>&gt; assembly files (*.s)<br>&gt; configure:32841: /usr/bin/mpicc&nbsp; -O3 -fomit-frame-pointer -<br>&gt; finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops -c <br>&gt; conftestasm.sconftestasm.s: Assembler messages:<br>&gt; conftestasm.s:2: Error: bad register name `%rsp'<br>&gt; configure:32844: $? = 1<br>&gt; configure:32857: result: no<br>&gt; configure:32859: error: Upgrade your compiler (or disable <br>&gt; assembly loops).<br>&gt; <br>&gt; When I compiled Gromacs with the --disable-x86-64-sse option, <br>&gt; then my submitted jobs run extremely slow compared to the other <br>&gt; cluster.Although MPI is running and the CPU-loads are all 100% <br>&gt; the speed is nearly as slow as running on a single CPU.<br>&gt; I also tried compiling with MVAPICH with is already installed on <br>&gt; the cluster but I get the same error.<br>&gt; <br>&gt; Unfortunately I could not compile OPEN-MPI with the follwing flags:<br>&gt; export CC="gcc-4.3 -m64"<br>&gt; export CXX="g++-4.3 -m64"<br>&gt; export F77="gfortran-4.3 -m64"<br>&gt; <br>&gt; Do you have any idea what could be the cause of the problem so <br>&gt; that I can tell the Cluster-Admin what specific package to install?<br>&gt; Any help would be deeply appreciated since I'm new to this whole <br>&gt; MPI topic and I could not find a way around this problem.<br><br>Your version of gcc isn't able to deal with the assembly code used by GROMACS to get its speed. Three solutions come to mind:<br>1) Upgrade gcc - it is a compiler collection, and the gcc module on Debian looks to me like it has only the C compiler in it. The GNU assembler is in the binutils package, so installing that looks like the first place to start/check.<br>2) Compile for this architecture on some machine that has a better set of tools for compiling for scientific  applications.<br>3) Cross-compile for this architecture on some such machine.<br><br>Mark<br>