<div>Hi gromacs users</div>
<div> </div>
<div>I did simulation of pr-dna by gromacs. I want to obtain diffusion coefficent of pr to dna. I raed manual (g_msd) in which there are  diffusion coefficent only for 1 and 2 dimension as follows respectively : </div>
<div><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">
<p>-type : <font face="NimbusRomNo9L-Regu" size="2">Compute diffusion coefficient in one direction: </font><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">no</font><font face="NimbusRomNo9L-Regu" size="2">, </font><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">x</font><font face="NimbusRomNo9L-Regu" size="2">, </font><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">y </font><font face="NimbusRomNo9L-Regu" size="2">or </font><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">z</font></p>
<font face="NimbusMonL-Regu" size="2"><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">
<p>-lateral : <font face="NimbusRomNo9L-Regu" size="2">Calculate the lateral diffusion in a plane perpendicular to: </font><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">no</font><font face="NimbusRomNo9L-Regu" size="2">, </font><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">x</font><font face="NimbusRomNo9L-Regu" size="2">, </font><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">y </font><font face="NimbusRomNo9L-Regu" size="2">or </font><font face="NimbusMonL-Regu" size="2">z</font></p>
</font></font></font></div>
<div>how to use g_msd for calculation of diffusion coeffcient in 3D.</div>
<div> </div>
<div>Thanks a lot in advance.</div>