<br><br>----- Original Message -----<br>From: Pinchas Aped &lt;aped@mail.biu.ac.il&gt;<br>Date: Monday, June 28, 2010 3:43<br>Subject: [gmx-users] Problems with installing mpi-version of Gromacs<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br> <span><p> <meta content="text/html; charset=windows-1255" http-equiv="Content-Type"> <meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.6001.18928"> <style></style> <table><tbody><tr><td bgcolor="#ffffff"><p> </p><div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear All:</font></div> <div><font face="Times New Roman"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have installed Gromacs on a Linux (RedHat)  cluster, using the following csh script - </font></div> <div><font face="Times New Roman"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------------------------------------</font></div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>#! /bin/csh</font></div> <div><font face="Arial" size="2"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>set DIR=/private/gnss/Gromacs</font></div> <div><font face="Arial" size="2"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv SOFT ${DIR}/software<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv CPPFLAGS  "-I$SOFT/include"<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv LDFLAGS "-L$SOFT/lib"<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv NCPU 4<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv  PATH "$PATH":$SOFT/bin<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>cd openmpi-1.2.8; ./configure --prefix=$SOFT; make -j  $NCPU; make install<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>cd ../fftw-3.1.3; ./configure --prefix=$SOFT  --enable-float; make -j $NCPU; make&nbsp;install<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>cd ../gsl-1.11; ./configure  --prefix=$SOFT; make -j $NCPU; make install<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>cd ../gromacs-4.0.7; ./configure  --prefix=$SOFT --with-gsl; make -j $NCPU; make install<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make distclean;  ./configure --prefix=$SOFT --program-suffix=_mpi --enable-mpi --with-gsl; make  mdrun -j $NCPU; make install-mdrun</font></div> <div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------------------------------------</font></div> <div><font face="Times New Roman"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>It seemed to have worked OK, and we could run  Gromacs on a single processor.</font></div> <div><font face="Times New Roman"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>When I tried to create a parallel version with  the script -</font></div> <div><font face="Times New Roman"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------------------------------------</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>#! /bin/csh</font></div> <div><font face="Arial" size="2"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>set DIR=/private/gnss/Gromacs</font></div> <div><font face="Arial" size="2"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv SOFT ${DIR}/software<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv CPPFLAGS  "-I$SOFT/include"<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv LDFLAGS "-L$SOFT/lib"<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv NCPU 4<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>setenv  PATH "$PATH":$SOFT/bin</font></div> <div><font face="Arial" size="2"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>cd gromacs-4.0.7; ./configure --prefix=$SOFT  --with-gsl --enable-mpi; make -j $NCPU mdrun; make install-mdrun</font></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------------------------------------</div> <div><font face="Times New Roman"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>- the installation log ended with  -</font></div> <div><font face="Times New Roman"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>.........</font></div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>checking whether the MPI cc command works...  configure: error: Cannot compile and link MPI code with mpicc<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make: *** No  rule to make target `mdrun'.&nbsp; Stop.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make: *** No rule to make target  `install-mdrun'.&nbsp; Stop.</font></div> <div><font face="Times New Roman"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Times New Roman"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I can't figure out from this message what is  wrong or missing with my MPI.<br><br></font></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font>It looks like you included the scripts the wrong way around, or something. Both scripts should build MPI-enabled mdrun, with the second not naming it with _mpi. See http://www.gromacs.org/index.php?title=Download_%26_Installation/Installation_Instructions for the usual procedure.<br><br>You can inspect the last 100 or so lines of config.log to see the actual error issue.<br><br>The issue has probably got nothing to do with GROMACS. Try compiling and running some MPI test program to establish this.<br><br>Mark<br></div></td></tr></tbody></table></p></span>