<br><br>----- Original Message -----<br>From: munubas@yahoo.com<br>Date: Monday, June 28, 2010 5:29<br>Subject: [gmx-users] (no subject)<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hellow,</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>My sequence was processed with SPDBV which add NH3 and COO- at the Nterminal and Cterminal respectively thereby MD simulation was carried out using GROMACS&nbsp;versions of &nbsp;3.3.2 and 4.0.&nbsp; The system was working well.</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Now I would like to add&nbsp;protecting groups i.e.acetyl group (CH3CO) and Nmethyl (NHCH3) at the N and C terminal respectively instead of NH3 and COO-&nbsp;using Gromacs 4.0. </div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Kindly suggest me needful action for the said construction. Or kindly&nbsp;suggest the software which can construct like CH3CO-Gly-trp-lys- - - - - - -&nbsp; - NHCH3 thereby getting output file can be used by GROMACS 4.o for completing my MD of the molecuel having such a sequence any like CH3CO-Gly-trp-lys- - - - - - -&nbsp; - NHCH3 .<br><br></div></td></tr></tbody></table>You will need some non-GROMACS software to do this. Some suggestions are here http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/Coordinate_File<br><br>Mark