<br><br>----- Original Message -----<br>From: leila karami &lt;karami.leila1@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, June 29, 2010 17:32<br>Subject: [gmx-users] g_msd and diffusion coefficent<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Mark Abraham </div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>yes. pr means protein. I want to obtain diffusion of&nbsp; protein within dna. I&nbsp; want to know how/how much&nbsp;pr diffuse to dna.<br><br></div>No, you probably don't. "within" and "to" mean different things. You probably want to measure something about the diffusion of your protein in water (the solvent!) in the presence of DNA.<br><br>If you're trying to deduce something about the frequency of protein-DNA binding events, then you'll probably need a ridiculously long and large simulation with lots of such events in order to deduce anything comparable with any experimental data.<br><br>Mark