Hello Justin,<br><br>I spent a full day to find a proper value for -d but it seems there is no way of getting  correct bond lenght and angle at the same time. With the following commands I am getting correct bond length for the atoms connecting two monomer units but the angle is 140. I get 110 angle only when bond distance is much less than actual value (1.53 A). I have also tried monomer units with 6, 8, 10 carbon atoms. For 8 and 10 cases I can not even align carbons with the axis using princ. This proper geometry problem seems to be a very simple thing to figure out but I have reached no results. I would like you to provide me with a hint or suggestion...I appreciate your help. Thanks.<br>
<br>Great Red Owns Many ACres of Sand <br>    4<br>    1Eth     C1    1   0.462   0.285   0.269<br>    1Eth     C2    2   0.325   0.216   0.269<br>    1Eth     C3    3   0.213   0.321   0.269<br>    1Eth     C4    4   0.075   0.255   0.269<br>


   0.53817   0.53817   0.53817<br><br>editconf -f 4C.pdb -o 4Cd-princ.gro -princ -d 0.075 -bt cubic<br>genconf -f 4Cd-princ.gro -o 4Cd-rep.gro -nbox 5 1 1<br><br>4Cd-rep.gro: replicated units:<br><br>Great Red Owns Many ACres of Sand <br>
   20<br>    1Eth     C1    1   0.462   0.285   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>
    1Eth     C2    2   0.325   0.216   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>
    1Eth     C3    3   0.213   0.321   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    1Eth     C4    4   0.075   0.255   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    2Eth     C1    5   1.000   0.285   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    2Eth     C2    6   0.863   0.216   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>


    2Eth     C3    7   0.751   0.321   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    2Eth     C4    8   0.613   0.255   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    3Eth     C1    9   1.538   0.285   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    3Eth     C2   10   1.401   0.216   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>


    3Eth     C3   11   1.289   0.321   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    3Eth     C4   12   1.151   0.255   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    4Eth     C1   13   2.077   0.285   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    4Eth     C2   14   1.940   0.216   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>


    4Eth     C3   15   1.828   0.321   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    4Eth     C4   16   1.690   0.255   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    5Eth     C1   17   2.615   0.285   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    5Eth     C2   18   2.478   0.216   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>


    5Eth     C3   19   2.366   0.321   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>    5Eth     C4   20   2.228   0.255   0.269  0.0000  0.0000  0.0000<br>   2.69085   0.53817   0.53817<br><br><input type="hidden"><input type="hidden"><div>


</div>
<input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML"></div>