<br><br>----- Original Message -----<br>From: radhika jaswal &lt;jaswalradhika@yahoo.co.in&gt;<br>Date: Tuesday, June 29, 2010 16:30<br>Subject: [gmx-users] Simulatimg two proteins in water system<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hiiii Everybody ther,<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> I am simulating two already docked proteins which are in a single .pdb file to study the aggregation behavior. Doing for the first time, I have tried with and without TER option too. There are 28 residues and 240 atoms in first chain A and same number of atoms in chain B. But while using pdb2gmx command following error is coming..<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Processing chain 1 'A' (199 atoms, 28 residues)<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> There are 32 donors and 36 acceptors<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> There are 39 hydrogen bonds<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> -------------------------------------------------------<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Program pdb2gmx, VERSION 3.3.1<br><br>I hope there's a good scientific reason to be using a version more than 3 years old. Faster performance and more fixed bugs is only a download away...<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Source code file: pdb2gmx.c, line: 393<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Fatal error:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Atom S in residue MET 21 not found in rtp entry with 9 atoms<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while sorting atoms<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> ..<br><br>Look at atom S in residue MET 21 and see why it doesn't match the .rtp entry for methionine. Then cope with that :-)<br><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> All Suggestions are welcome. And why it is showing only chain 1 A.<br><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font></td></tr></tbody></table>Maybe it died before reaching the second chain.<br><br>Mark