<br><br>----- Original Message -----<br>From: leila karami &lt;karami.leila1@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, June 29, 2010 16:41<br>Subject: [gmx-users] g_msd and diffusion coefficent<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi gromacs users</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>in my system, there are pr, dna, water and Na and I want to obtain diffusion of&nbsp; pr in dna but when I use g_msd command, gromacs says select only 1 group. should be this group pr or dna?<br><br>What's pr?<br><br></div>If you mean protein, does it make sense to find the diffusion coefficient of a protein within DNA? What does it make sense to find a diffusion coefficient in?<br><br>Mark