<br><br>----- Original Message -----<br>From: leila karami &lt;karami.leila1@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, June 29, 2010 18:08<br>Subject: [gmx-users] g_msd and diffusion coefficent<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><pre><span style="font-family: 'Times New Roman';"><font face="tahoma,sans-serif"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Mark Abraham</font></span></pre><pre><span style="font-family: 'Times New Roman';"><font face="tahoma,sans-serif"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>No, I want to measure something about the diffusion of my protein to DNA (especially  to major groove of DNA) in the presence of water (as solvent).<br></font></span></pre>Well if you have a trajectory that diffuses the protein to your DNA, then measure the diffusion coefficient by choosing the protein group in g_rmsd. The analysis program doesn't need to know why you chose that trajectory.<br><br>Finding a meaningful set of such a trajectories can be tough, however.<br><br>Mark