<div>Dear Erik Marklund<br></div>
<div>thanks for your attention</div>
<div> </div>
<div>I saw <a href="http://www.pdb.org/" target="_blank">www.pdb.org</a>. there is b-factor in pdb files being in this website but pdb file obtained form g_rmsf  -f  pr.xtc  -s  pr.tpr  -n  pr.ndx -oq command, has not B-factor.</div>

<div> </div>
<div>my bfac.pdb file is as follows :</div>
<div><font size="2">
<p>TITLE Protein in water</p>
<p>REMARK THIS IS A SIMULATION BOX</p>
<p>CRYST1 62.008 62.008 62.008 90.00 90.00 90.00 P 1 1</p>
<p>MODEL 1</p>
<p>ATOM 5 CA NGL 1 20.794 51.547 38.010 1.00272.65</p>
<p>ATOM 12 CA SER 2 23.444 51.157 35.390 1.00257.41</p>
<p>ATOM 23 CA SER 3 25.254 48.487 33.290 1.00189.09</p>
<p>ATOM 34 CA GLY 4 28.474 47.777 31.510 1.00114.27</p>
<p>ATOM 41 CA SER 5 27.814 48.657 27.860 1.00195.51</p>
<p>ATOM 52 CA SER 6 31.164 48.167 26.020 1.00217.99</p>
<p>ATOM 63 CA GLY 7 31.934 49.987 22.770 1.00300.70</p>
<p>ATOM 70 CA LYP 8 32.204 48.057 19.510 1.00248.64</p>
<p>ATOM 92 CA GLY 9 35.314 45.957 18.630 1.00184.40</p>
<p>ATOM 99 CA GLY 10 37.064 42.607 19.150 1.00139.99</p>
<p>ATOM 106 CA GLN 11 37.224 39.007 17.810 1.00106.39</p>
<p>ATOM 123 CA VAL 12 34.754 36.657 19.540 1.00 78.29</p>
<p>ATOM 139 CA ARG 13 33.244 33.847 17.550 1.00 79.41</p>
<p>ATOM 163 CA PHE 14 32.044 30.277 17.980 1.00 23.96</p>
<p>ATOM 183 CA SER 15 30.254 27.737 15.740 1.00 44.68</p>
<p>ATOM 194 CA ASN 16 26.794 26.277 16.430 1.00 54.17</p>
<p>ATOM 208 CA ASP 17 28.154 23.097 18.090 1.00 52.38</p>
<p>ATOM 220 CA GLN 18 30.914 24.937 19.880 1.00 25.27</p>
<p>ATOM 237 CA THR 19 28.404 27.377 21.340 1.00 24.72</p>
<p>ATOM 251 CA ILE 20 26.264 24.487 22.620 1.00 35.92</p>
<p>ATOM 270 CA GLU 21 29.004 22.497 24.430 1.00 22.96</p>
<p>ATOM 285 CA LEU 22 30.324 25.797 25.950 1.00 13.17</p>
<p>ATOM 304 CA GLU 23 26.874 26.467 27.560 1.00 26.01</p>
<p>ATOM 319 CA LYP 24 26.474 22.877 28.710 1.00 37.38</p>
<p>ATOM 341 CA LYP 25 29.944 22.657 30.270 1.00 29.72</p>
<p>ATOM 363 CA PHE 26 29.484 26.037 32.040 1.00 33.01</p>
<p>ATOM 383 CA GLU 27 26.304 24.837 33.730 1.00 56.55</p>
<p>ATOM 398 CA THR 28 28.194 21.907 35.400 1.00 71.22</p>
<p>ATOM 412 CA GLN 29 31.264 24.057 36.290 1.00 61.11</p>
<p>ATOM 429 CA LYP 30 31.314 27.927 35.980 1.00 53.89</p>
<p>ATOM 451 CA TYR 31 35.124 27.747 35.600 1.00 54.07</p>
<p>ATOM 472 CA LEU 32 37.594 25.107 34.310 1.00 52.72</p>
<p>ATOM 491 CA SER 33 40.974 24.187 35.600 1.00 49.43</p>
<p>ATOM 510 CA PRO 34 43.864 24.147 33.110 1.00 41.67</p>
<p>ATOM 524 CA PRO 35 44.074 20.337 32.590 1.00 46.11</p>
<p>ATOM 530 CA GLU 36 40.404 20.317 31.650 1.00 30.32</p>
<p>ATOM 545 CA ARG 37 40.464 23.597 29.640 1.00 17.05</p>
<p>ATOM 569 CA LYP 38 43.434 22.497 27.460 1.00 19.61</p>
<p>ATOM 591 CA ARG 39 41.524 19.337 26.310 1.00 21.22</p>
<p>ATOM 615 CA LEU 40 38.184 21.167 25.940 1.00 10.93</p>
<p>ATOM 634 CA ALA 41 39.834 23.657 23.510 1.00 10.81</p>
<p>ATOM 644 CA LYP 42 41.344 20.617 21.670 1.00 20.84</p>
<p>ATOM 666 CA MET 43 38.004 18.787 21.490 1.00 19.62</p>
<p>ATOM 683 CA LEU 44 35.884 21.877 20.620 1.00 16.95</p>
<p>ATOM 702 CA GLN 45 38.504 23.247 18.140 1.00 23.14</p>
<p>ATOM 719 CA LEU 46 38.814 26.507 20.170 1.00 17.31</p>
<p>ATOM 738 CA SER 47 41.784 28.247 21.770 1.00 22.52</p>
<p>ATOM 749 CA GLU 48 42.464 28.237 25.540 1.00 18.67</p>
<p>ATOM 764 CA ARG 49 41.984 32.017 25.510 1.00 22.59</p>
<p>ATOM 788 CA GLN 50 38.484 31.627 24.050 1.00 17.42</p>
<p>ATOM 805 CA VAL 51 37.614 28.917 26.620 1.00 8.87</p>
<p>ATOM 821 CA LYP 52 38.664 31.067 29.630 1.00 15.01</p>
<p>ATOM 843 CA THR 53 37.104 34.267 28.220 1.00 21.29</p>
<p>ATOM 857 CA TRP 54 33.794 32.697 27.320 1.00 15.97</p>
<p>ATOM 881 CA PHE 55 33.164 31.167 30.720 1.00 16.56</p>
<p>ATOM 901 CA GLN 56 34.244 34.267 32.580 1.00 27.30</p>
<p>ATOM 918 CA ASN 57 31.854 36.577 30.640 1.00 31.82</p>
<p>ATOM 932 CA ARG 58 29.204 33.887 30.940 1.00 28.78</p>
<p>ATOM 956 CA ARG 59 29.414 34.027 34.740 1.00 42.57</p>
<p>ATOM 980 CA ALA 60 28.834 37.777 34.520 1.00 52.64</p>
<p>ATOM 990 CA LYP 61 25.674 36.957 32.590 1.00 47.32</p>
<p>ATOM 1012 CA TRP 62 24.714 34.207 35.090 1.00109.93</p>
<p>ATOM 1036 CA ARG 63 25.094 36.337 38.210 1.00145.64</p>
<p>ATOM 1060 CA ARG 64 22.154 38.367 36.850 1.00409.17</p>
<p>ATOM 1084 CA SER 65 19.994 35.337 36.560 1.00567.55</p>
<p>ATOM 1095 CA GLY 66 20.044 34.427 40.200 1.00313.57</p>
<p>ATOM 1110 CA PRO 67 22.124 34.867 43.420 1.00232.72</p>
<p>ATOM 1116 CA SER 68 22.484 31.017 43.640 1.00296.77</p>
<p>ATOM 1127 CA SER 69 26.064 29.747 43.910 1.00746.26</p>
<p>ATOM 1138 CA CGL 70 26.794 26.717 41.750 1.001312.96</p>
<p>TER</p>
<p>ENDMDL</p></font></div>