<b>I read thorough the manual on index groups and creating index file. This is the command I tried:<br><br>make_ndx -f index.gro -o index.ndx<br></b><br>with index.gro you proposed:<br><br>[ special ]<br>  1  3<br>[ all ]<br>
  1  2  3  4<br><br>error I get:<br><br>Reading structure file<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program make_ndx, VERSION 4.0.7<br>Source code file: confio.c, line: 728<br><br>Fatal error:<br>
Invalid line in index.gro for atom 1:<br>[ all ]<br>-------------------------------------------------------<br><br>I thought maybe the group name should be changed... but it is complaining of sth I cant figure out.<br><br>
Also I am asking the following Q just for the sake of learning. I dont want to do something blindly :)<br>- can you please let me know what is the justification behind using 1 3 in first group.  <b><br></b>- I read about default groups. like &quot;system&quot; where all atoms are defined. So why do we need to define &quot;all&quot; group again? <b><br>
<br>Thanks,<br></b>