Hi gromacs users:<br>     Using amber/charmm force field we simulated a solvated protein system at different temperature(300,250 and 200K).<br>I used TIP5P water model and applied NVT ensemble . We analyzed the hydrogen bond life time correlation function(HBCF) to study the protein water interactions. At 300K, the result looks good and comparable with the literature data. But at 250 and 200K, during the initial 0-2ps, HBCF decay is very fast before it start to relax. This problem does not arise when i tried with other force field which came along with gromacs package(like GROMOS,OPLS..) I don&#39;t know where i am making mistakes; patching the amber and charmm force fields to gromacs package lead to this problem? <br>
Can anybody help me? thank you.<br><br><br>My mdp options are:<br><br>cpp                  = /lib/cpp<br>constraints          = hbonds<br>constraint_algorithm = shake<br>integrator         = md<br>dt                 = 0.001   ;<br>
nsteps             = 500000  ;<br>nstcomm            = 1    ; <br>nstlist            = 10<br>ns_type            = grid<br>nstenergy          = 5    ;<br>nstlog             = 5    ; <br>nstvout            = 5    ; <br>nstxout            = 5    ; <br>
;nstxtcout         = 5    ; <br>;xtc-precision     = 100<br>nstfout            = 0<br>coulombtype        = shift<br>fourierspacing     = 0.12<br>pme_order          = 4<br>vdwtype            = switch<br>rvdw               = 1.0<br>
rlist              = 1.2<br>rcoulomb           = 1.0<br>pbc                = xyz<br><br>;Berendsen temperature coupling is on<br>Tcoupl          = nose-hoover   ; temperature bath (yes, no)<br>tau_t           = 0.1      0.1<br>
tc-grps         = protein non-protein<br>ref_t           = 200      200<br>;Berendsen Pressure coupling is on<br>pcoupl          = no         ; pressure bath (yes, no)<br>;Generate velocities  is on at 200<br>gen_vel          = no       ; generate initial velocities<br>
;gen_temp        = 200.0     ; initial temperature<br>;gen_seed        = 173529    ; random seed<br>;<br><br><br>regards,<br>Rama <br clear="all"><br><br>