<br><br>----- Original Message -----<br>From: pawan raghav &lt;pwnrghv@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, June 30, 2010 14:56<br>Subject: [gmx-users] REMD<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Justin,</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have read manual there was an equation where T1 and T2 are the two temperatrure will be assign but in my case I don't have different temperature. I have to simulate at same temperature.<br><br>... and if you'd read the accompanying text you'd understand why different temperatures are required.<br><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Is there any other alternative to perform sampling rather than REMD. I am working on one processor so kindly suggest me the best for sampling.<br><br>REMD, coarse-graining, united-atom force fields, implicit solvation are all approaches that can be used to *enhance* the sampling per unit of computation, depending how you evaluate the inherent trade-offs. Some good textbook material will cover these ideas...<br><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The force field which I have used was taken reference from paper. so please inform me if any thing wrong.&nbsp;<br clear="all"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font></div><br>Judging that what others have done is suitable also for your case is something that only you can do.<br><br>Mark