<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello All,<br>I have done simulation for 1ns on a protein dimer using GROMOS96 43a1 force field.<br>I want to study if the protein is stable as&nbsp; a dimer or not, so can you please give me some suggestion as to what analysis&nbsp; I could do for the same.<br>I checked g_rms after the simulation, graph which I am getting is like, first rmsd is increases rapidly to 0.2nm for for 0.1 ns and <br>then till 0.8 ns it still increased to 0.3 nm and <br>still there are more fluctuations but and it decreses again to 0.28 nm at 0.1 ns.<br><br>So what could i infer about the stability of the protein as a dimer from this data.<br>Thanks in advance.<br>Regards<br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div></td></tr></table><br>