Dear all,<br><br>I&#39;m running my first simulation of a dimer. <br>When I run g_rms on Calpha (lsq fit and RMSD calculation on Calpha) to get the RMSD of the whole dimer, the graph is ascending, till reaching a value of 8 A.<br>
in this case, I take a .tpr file, a .xtc file and a .ndx file of the whole dimer.<br><br>However, when I run g_rmsd on Calpha, but this time, to get the RMSD of one chain (one monomer), the graph is constant with value around 1 A. and this for both chains, when taken alone.  <br>
In this case, I take a .tpr file, a .xtc file and a .ndx file of the monomer.<br><br>So is this an error of using g_rms?<br><br>Thank you.<br><br>Carla<br>