
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><div>I have a .gro file and I am trying to convert is to a .top file using x2top. The .gro file is as follows:<br><br>Octyl Beta Glucoside<br>&nbsp;&nbsp; 48<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2.840&nbsp;&nbsp; 2.397&nbsp;&nbsp; 2.515<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 2.938&nbsp;&nbsp; 2.408&nbsp;&nbsp; 2.468<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2.946&nbsp;&nbsp; 2.418&nbsp;&nbsp; 2.356<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2.751&nbsp;&nbsp; 2.52&nbsp;&nbsp; 2.465<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 2.725&nbsp;&nbsp;

 2.530&nbsp;&nbsp; 2.361<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 3.004&nbsp;&nbsp; 2.528&nbsp;&nbsp; 2.536<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 3.007&nbsp;&nbsp; 2.513&nbsp;&nbsp; 2.647<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 2.778&nbsp;&nbsp; 2.639&nbsp;&nbsp; 2.538<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 2.765&nbsp;&nbsp; 2.632&nbsp;&nbsp; 2.650<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 2.926&nbsp;&nbsp; 2.657&nbsp;&nbsp; 2.503<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 2.938&nbsp;&nbsp; 2.681&nbsp;&nbsp; 2.394<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 2.702&nbsp;&nbsp; 2.747&nbsp;&nbsp; 2.486<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 2.739&nbsp;&nbsp; 2.827&nbsp;&nbsp; 2.525<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 3.136&nbsp;&nbsp; 2.551&nbsp;&nbsp; 2.488<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 3.181&nbsp;&nbsp; 2.465&nbsp;&nbsp; 2.486<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 2.973&nbsp;&nbsp; 2.766&nbsp;&nbsp; 2.581<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 3.068&nbsp;&nbsp; 2.771&nbsp;&nbsp; 2.566<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 2.610&nbsp;&nbsp; 2.480&nbsp;&nbsp; 2.539<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 3.000&nbsp;&nbsp; 2.275&nbsp;&nbsp; 2.513<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;

 3.019&nbsp;&nbsp; 2.276&nbsp;&nbsp; 2.623<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 2.931&nbsp;&nbsp; 2.190&nbsp;&nbsp; 2.487<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 3.123&nbsp;&nbsp; 2.263&nbsp;&nbsp; 2.443<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 3.156&nbsp;&nbsp; 2.174&nbsp;&nbsp; 2.460<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 2.487&nbsp;&nbsp; 2.516&nbsp;&nbsp; 2.452<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp; 2.491&nbsp;&nbsp; 2.627&nbsp;&nbsp; 2.440<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp; 2.491&nbsp;&nbsp; 2.467&nbsp;&nbsp; 2.351<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 2.364&nbsp;&nbsp; 2.472&nbsp;&nbsp; 2.530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 2.367&nbsp;&nbsp; 2.518&nbsp;&nbsp; 2.632<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp; 2.366&nbsp;&nbsp; 2.361&nbsp;&nbsp; 2.543<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 2.239&nbsp;&nbsp; 2.515&nbsp;&nbsp; 2.457<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp; 2.238&nbsp;&nbsp; 2.626&nbsp;&nbsp; 2.445<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp; 2.238&nbsp;&nbsp; 2.471&nbsp;&nbsp; 2.354<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp; 2.115&nbsp;&nbsp; 2.470&nbsp;&nbsp; 2.532<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp; 2.116&nbsp;&nbsp; 2.513&nbsp;&nbsp; 2.636<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp;

 2.115&nbsp;&nbsp; 2.359&nbsp;&nbsp; 2.542<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp; 1.989&nbsp;&nbsp; 2.515&nbsp;&nbsp; 2.461<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 1.988&nbsp;&nbsp; 2.626&nbsp;&nbsp; 2.452<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp; 1.988&nbsp;&nbsp; 2.473&nbsp;&nbsp; 2.357<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp; 1.865&nbsp;&nbsp; 2.469&nbsp;&nbsp; 2.535<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp; 1.866&nbsp;&nbsp; 2.509&nbsp;&nbsp; 2.639<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp; 1.865&nbsp;&nbsp; 2.357&nbsp;&nbsp; 2.543<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp; 1.739&nbsp;&nbsp; 2.514&nbsp;&nbsp; 2.465<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp; 1.739&nbsp;&nbsp; 2.626&nbsp;&nbsp; 2.457<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp; 1.738&nbsp;&nbsp; 2.474&nbsp;&nbsp; 2.360<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp; 1.615&nbsp;&nbsp; 2.468&nbsp;&nbsp; 2.537<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp; 1.613&nbsp;&nbsp; 2.509&nbsp;&nbsp; 2.642<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp; 1.612&nbsp;&nbsp; 2.357&nbsp;&nbsp; 2.543<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1OBG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp; 1.608&nbsp;&nbsp; 2.410&nbsp;&nbsp; 2.453<br>&nbsp;&nbsp; 2.00000&nbsp;&nbsp; 2.00000&nbsp;&nbsp; 2.00000<br><br>I have tried to convert this file to a top file but this is the error message I get:<br><br>Opening library file

 /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>WARNING: masses will be determined based on residue and atom names,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; this can deviate from the real mass of the atom type<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/atommass.dat<br>Entries in atommass.dat: 178<br>WARNING: vdwradii will be determined based on residue and atom names,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; this can deviate from the real mass of the atom type<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/vdwradii.dat<br>Entries in vdwradii.dat: 28<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/dgsolv.dat<br>Entries in dgsolv.dat: 7<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/electroneg.dat<br>Entries in electroneg.dat: 71<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/elements.dat<br>Entries in elements.dat: 218<br>Looking whether force field files exist<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.rtp<br>Opening

 library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.n2t<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.n2t<br>There are 23 name to type translations<br>Generating bonds from distances...<br>atom 48<br>Can not find forcefield for atom C-4 with 2 bonds<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program x2top, VERSION 4.0.7<br>Source code file: ../../../../src/kernel/x2top.c, line: 207<br><br>Fatal error:<br>Could only find a forcefield type for 47 out of 48 atoms<br>-------------------------------------------------------<br><br>"Throwing the Baby Away With the SPC" (S. Hayward)<br><br>I have tried to adjust the coordinates within the gro file but it still shows the same message. Someone please give me some proper instruction in the conversion of a .gro file to a .top file. Thank you!<br><br>Sincerely,<br><br>Amanda M. Watkins<br><br>SBC 2012<br></div>

</div><br>


      </body></html>